尼伯特颱風災後各級環保機關積極進行環境清理、消毒及飲用水水質抽驗、垃圾處理廠（場）修復等災後復原相關工作，目前高雄市、臺南市及屏東縣已完成階段任務，受創最嚴重的臺東縣，本署仍持續支援協助，務使環境能於最短時間內恢復清潔，避免病媒蚊孳生及確保民眾飲用水安全。
環境清理及消毒工作方面，環保署於7月8日主動洽詢各地方政府支援需求，並立即調度3,600公升消毒藥劑於7月9日深夜送達提供臺東縣環保局消毒防疫使用，及緊急調度支援3類共21輛（部）環境清理機具，另新北市、臺中市、臺南市、臺北市與屏東縣等縣市政府亦陸續提供機具支援予臺東縣環保局調度，襄助各項環境清理及市容恢復工作。累計至7月11日已動員686 車次，包含環保署及其他縣市政府支援114車次，臺東縣市環保局572輛車次，進行災後環境清理工作。環保署亦調度支援200公斤防治蚊蟲幼蟲藥劑於7月9日晚送達屏東縣環保局。
臺東縣目前主要道路（中華路等）及次要道路已完成垃圾清除搶通作業，回復正常交通，預估臺東全縣除臺東市需10日外，其餘地區一週內完成垃圾清運工作，累計受災地區的廢棄物至7月10日共清理約1,231公噸。廢傢俱及巨大廢棄物先行暫存，以利另行回收，環保署並協調高雄市政府協助增量處理臺東縣災後垃圾。
環保署已督導環保機關及自來水事業單位加強飲用水水質檢驗工作，累計至7月11日已抽驗199件，完成檢驗之項目均合格，以確保民眾飲水安全。並將持續協助災區，以期迅速完成災區環境復原。