環保署表示，針對新竹縣及苗栗縣二座焚化廠興建政策之評估，係本於專業客觀依不同的觀點加以檢討評估，經該署就新竹縣廠及苗栗縣廠之停建理賠、跨區合作可能性、困難度及社會對替代措施之觀感等進行評估結果，並向行政院提出評估建議，幾經多方考量後所作的決定。
環保署指出，為妥善處理垃圾，80年「垃圾處理方案」，預計興建36座；自87年全面推動資源回收後，資源回收大幅提昇，全國各縣市待處理垃圾量已逐年減少。經該署逐年檢討建廠需求，在滾動式政策管理下，因應時空背景之差異，考量全國整體資源統合運用，至95年3月中旬，共刪減10座廠，修正興建總數為26座廠，總有效處理容量1萬9,941公噸/日。根據環保署推估，至96年全國需焚化處理之廢棄物總量22,081公噸/日(家戶垃圾量15,402公噸/日、適燃性一般事業廢棄物量6,679公噸/日)，倘若26座焚化廠皆於96年底完工運轉，此與全國需焚化處理之廢棄物總量相當。
環保署強調，該署依據行政院指示就新竹縣廠及苗栗縣廠之停建理賠、跨區合作可能性、困難度及社會對替代措施之觀感等進行評估結果，於95.3.9陳報行政院，建議新竹縣廠停建、苗栗縣廠續建。案經行政院於95.3.15核定，該署刻正辦理後續事宜。
在社會對替代措施觀感方面，經民調結果顯示，當民眾瞭解新竹縣及苗栗縣二座焚化廠興建資訊後，無論續建費用是否較停建費用高，不贊成停建的比例上升，尤其當知道停建費用大於續建費用時，不贊成停建比例更上升至七成，即使是焚化廠所在鄉鎮市，也有相同的趨勢。
環保署亦表示，另經由各項經費分析，新竹縣廠停建費用小於續建費用，而苗栗縣廠停建費用大於續建費用；再考量新竹縣及苗栗縣二座廠興建進度、垃圾跨區轉運處理替代方案效益、回應地方民意、消除民眾的疑慮、維護環境品質等因素，建議新竹縣廠停建、苗栗縣廠續建，以避免投入資源的浪費，並可符合地方民意。
未來垃圾處理，環保署將繼續推動「垃圾零廢棄」政策，經由總體垃圾減量及資源回收，垃圾焚化廠倘有餘裕量，在符合設計範圍內得兼處理適燃性一般事業廢棄物，以補足交付保證量，同時解決一般事業廢棄物處理問題，使設施充分利用並增加處理費之收入；配合焚化廠陸續除役，朝「區域聯合處理」方式推動。隨著垃圾減量及資源回收等政策執行成效，環保署仍持續檢討焚化廠建廠需求，以符垃圾處理之需要與民意之關切