有關報載雲林縣政府委託台灣大學公共衛生學院職業醫學與工業衛生研究所調查認為：「台塑雲林六輕所在地麥寮鄉等周遭五鄉的全癌症發生率顯著增高」等報導，環保署認為該項議題與廣大民眾息息相關且涉及健康風險評估及流行病學研究，屬於科學事實認定，需要以嚴謹態度加以探究。該署將依資訊公開、公民參與的原則，以權益相關各方推薦相關專家組成的專家小組召開專家會議，獨立進行相關計畫及結果的審議，以中立客觀方式協助釐清六輕相關開發計畫與附近民眾健康關係。另對於雲林縣蘇治芬縣長不實指控「環保署多年來一直有針對環六輕污染進行調查，只是不敢公布…」一節，提出嚴正駁斥，並要求蘇治芬縣長，應對其身為縣長卻發布不實言論，造成民眾被不實資訊誤導與污衊本署等情事，公開向全國人民道歉。
環保署表示：六輕相關開發計畫營運後對附近民眾健康影響之研究，已分別由經濟部工業局、台塑石化股份有限公司、及雲林縣政府環境保護局委託學術、研究機構進行調查，因執行單位不一，研究調查及資料取得方法各異，易發生結論相左，調查結果無法形成公信力等情事，是以常有「單一研究報告是否客觀」或「藉機向企業索取回饋金」之質疑。為回應報載當地各鄉長期望「嚴格監控六輕環保，同時籌組環保、衛生研究小組深入調查，確保居民健康，也避免不必要的恐慌」之訴求，環保署對於目前進行之健康風評估計畫將以公正立場，函請地方政府（含鄉公所）及民眾、台塑石化公司、環保團體、國民健康局等四方，各推薦健康風險評估及流行病學專家，參與相關計畫與結果之審查。藉由各權益相關者推薦之專家，本專業、科學之中立客觀立場在充分資訊中獨立理性審議相關之事實與推論，以釐清六輕相關開發計畫營運後對附近民眾健康影響程度。
環保署表示：該署對六輕工業區污染排放稽查管制工作，向極重視，除依環評結論要求由各權益相關者代表及學者專家組成的監督委員會運作監督外，於96年5月起於雲林縣臺西鄉設置光化學污染物監測站，全面監測臭氧、臭氧前驅物及部分含氧揮發性有機物（VOC）；另協同雲林縣環保局對加強稽查監測發現之空氣污染物種及可疑污染來源進行調查，佐以紅外線監測儀（FTIR）等光學監測設備進行監測，並將監檢測結果及確認違規情節屬實之污染源，交雲林縣環保局處分並限期改善。去年查核發現丙烯洩漏來源，要求六輕改善後，98年丙烯監測值已較去年降低。
環保署表示，對六輕工業區設立的環境影響極為重視，於台西鄉設置的台西光化監測站測定項目，括六輕工業區製程上會排放的成份：乙烯、丙烯、乙烷、丙烷、正異丁烷、正己烷、苯、甲苯、鄰間對二甲苯等有機污染物。以上監測資料(於經品保程序後)，皆公開於環保署全球環保網站上，供為各界參考、分析使用。有關報導所關心的「苯」之濃度，亦為台西光化監測站監測項目之一，其歷時(迄今年三月)濃度於本署網站上皆可查得，對外界完全公開。本日報載的研究結果，係依據雲林縣97年自行編列預算，委託詹長權教授辦理的研究計畫報告內容，該計畫分析所採用數據資料的來源即為本署空氣品質監測站監測所得。報載蘇治芬縣長指稱，本署多年來一直有針對六輕的污染進行調查，只是不敢公布，呼籲本署不要閃躲，應確實公布調查數據乙節，如確為蘇縣長所言，蘇縣長應為其不實發言，造成民眾被不實資訊誤導與污衊本署等情事，公開向全國人民道歉。
環保署表示，對於雲嘉南地區環境品質向來重視，中央將與地方環保單位持續進行當地環境品質監測與排放源稽查管制的工作，補助雲林縣環保局執行相關計畫，維護當地附近空氣品質，盡力保障當地居民的生活環境。