「國道東部公路蘇澳花蓮段工程規劃環境影響說明書」於89年通過環保署審查，並於91年12月27日取得目的事業主管機關交通部之開發許可。嗣後開發單位交通部國工局依據細部設計結果，擬調整其中部分路線、交流道位置與工程內容，依據環境影響評估法第16條及其施行細則第37條規定，提出環境影響差異分析報告，且因本案已逾三年尚未動工，依環境影響評估法第16條之1規定，國工局應提出環境現況差異分析及對策檢討報告，送環保署審查，環保署未完成審查前，不得實施開發行為。
由於歷經921地震災害、敏督利風災等重大環境變遷，為確保國土保安，93年7月28日環保署環境影響評估審查委員會會議時曾決議，「建請交通部國工局再將諸多時空環境變遷與國土永續發展下之細部設計等因素補充完備，作更嚴謹的評估作業，並對環境保護對策提出具體之承諾。」長期以來，各界對於蘇花高是否興建多所關切，許多花東地區居民和民意代表企盼政府儘速興建蘇花高，而另一方面，許多環保人士、團體基於環境保育與地質安全等考量，希望政府對於蘇花高興建案能夠再審慎評估。另外，行政院亦於94年12月26日指示，國道東部公路蘇澳花蓮段工程建設，應俟臺北至東部之交通政策環評陳報行政院核定後，再據以決定是否恢復動工。
交通部於95年10月25日同時函送「國道東部公路蘇澳花蓮段環境影響差異分析暨環境現況差異分析及對策檢討報告」、「臺北與東部地區間運輸系統發展政策評估說明書」兩案至環保署審查。環保署指出，依據政府政策環境影響評估作業辦法第7條規定，「政策研提機關作成之評估說明書，應徵詢中央主管機關意見，並得徵詢相關機關或團體意見，予以參酌修正。」依照政策環評審查程序，政策環評案件將視議題本質邀集有關機關、團體（包括環保團體）、業界或民意代表等召開公聽會，以徵詢各界意見，再由環評委員及相關機關組成專案小組召開初審會，並將初審意見提報至環評委員會討論。政策環評與一般開發行為環評案件，最大的不同點在於開發行為環評具有否決機制，而政策環評基於政府權責分工，政策成敗應由政策研提機關負責，因此環保署審查政策環評案時並不具有否決權，僅得依環境保護專業立場提供相關意見給政策研提機關進行決策時之參考。
環保署訂於11月21日召開東部交通政策環評公聽會，將邀請工商團體、環保團體、民意代表及相關機關出席，俟彙整社會各界意見後，另擇期召開專案小組初審會，然後再將初審結論提送至環評委員會討論，最後環保署會把審查意見正式函送政策研提機關參考。公聽會原則上屬公開性質，歡迎社會各界踴躍參加，但因會議室空間有限，倘機關或團體欲參加公聽會，請先向環保署聯繫，相關訊息均可上環保署網站查詢。