環保署為督促從事事業廢棄物再利用之堆肥場能確實遵守廢棄物再利用規定，在中部地區鎖定27家大型業者訂定專案稽查計畫，經過94年一整年的管制稽查結果，仍查獲有11件違反環保法令規定遭告發處分之案件，其中包括苗栗縣5件、嘉義縣4件及彰化縣與雲林縣各1件，違規比例不低，顯見堆肥場業主在再利用事業廢棄物時，仍應再加強注意污染防制工作。
環保署表示，93年間在中部地區曾查獲堆肥場非法代處理事業廢棄物牟取不法利益函送地檢署偵辦案件，94年初特別在中部地區篩選27家大型業者予以列管，經一年追蹤管制結果，業者再利用廢棄物雖均屬已公告可再利用之項目，惟仍發現有因惡臭問題違反空氣污染防制法，及事業廢棄物貯存設施未符合標準違反廢棄物清理法規定等情形，現經過告發處分罰款後已都能如期完成改善。
環保署說，廢棄物的「最佳處理方式」當以資源永續利用為目標，惟再利用廢棄物的機構仍應符合相關規範，再利用機構以公告可再利用之相關事業廢棄物再利用於肥料原料者，除應為肥料製造業者外，且必須依據肥料管理法及相關法規取得農業主管機關核發之肥料登記證，而再利用於土壤改良者，亦應經當地農業主管機關同意，違者均屬違反廢棄物清理法第39條第1項規定，依法可處新臺幣6千元以上3萬元以下罰鍰，並限期改善，屆期仍未完成改善者，按日連續處罰；另對非法從事未經公告可再利用，或未經個案申請核准之事業廢棄物之貯存清理行為，即屬違反廢棄物清理法，情節重大，可處1年以上5年以下有期徒刑的規定，環保署呼籲業者不要心存僥倖以身試法。