環保署公布94年度全國19座主要水庫水質監測結果，卡爾森優養指數大於50之優養化水庫計有6座（佔31.58﹪），卡爾森優養指數小於50之未優養化水庫計有13座（佔68.42﹪），優養化水庫座數較去（93）年度之9座（佔47.37﹪）明顯下降。
環保署表示，20座主要水庫中除阿公店水庫因正值於水庫底泥疏浚工程未辦理監測外，其餘19座水庫均於每季辦理監測乙次，根據94年度四季平均監測結果，以卡爾森加權指數（CTSI, Carlson Trophic State Index）計算，卡爾森優養指數大於50之優養化水庫計有新竹縣寶山、苗栗縣鯉魚潭、明德、台南縣鏡面、高雄縣澄清湖及鳳山水庫等6座（佔31.58﹪），其中以高雄縣鳳山水庫卡爾森優養指數值72.4為最高。
此外，環保署以19座水庫整體平均值計算（採用水庫容積百分比例加權指數），94年度19座主要水庫卡爾森容積加權平均指數為45.7，較93年度之44.8略為上升，整體而言19座水庫平均值低於50，屬於未優養化水庫。
環保署說，水庫優養化是指過量營養物質進入水體，造成藻類大量的繁殖、死亡，並因其腐敗分解的大量耗氧，導致水中溶氧耗盡，造成水體生態系急劇變化，並使水質嚴重惡化之現象。
為了控制水庫優養化，環保署於去（94）年委託專家學者蒐集歷年調查資料分析優養化水庫的來源，主要有水庫內部底泥中營養鹽的污染及由外部進入水庫的污染，例如家庭污水、遊憩廢水等點污染源，和茶園、果園的農藥、肥料及開發行為中土壤、林地落葉經暴雨沖刷將氮磷進入水庫。環保署表示，依研究指出，內部營養鹽較高的水庫有明德、鯉魚潭及鏡面水庫，可以透過曝氣打破水庫底層缺氧情形、利用食物鏈捕食浮游植物、利用化學方法去除水庫藻類或水庫取水放水管理等方法，達到控制水庫優養化的目的。
環保署又說，對於水庫的外部污染，除加強稽查管制各類點污染源外，環保署也委託專家國內外各類現地處理的控制非點污染源方法及實例，例如日本將林地更換較不易落葉的數種、農地使用側溝或以緩效性肥料施肥等源頭控制方法，或建構植物緩衝帶、保護帶、滯留池或人工溼地等；美國佛州則以水中植物進行水體除磷；德國則推動源頭管制、建置人工溼地及濱水緩衝區等措施。
環保署已透過94年研究計畫的執行，將相關控制水庫優養化的方法，與水庫相關權責機關召開10場討論會議，立即提供相關權責機關參採，共同維護水庫的清潔。