為協助本次受災地區民眾儘速恢復居家環境清潔，避免災後環境髒亂可能引起流行病，除協助各淹水鄉鎮動員國軍及未淹水地區環保局與民間資源，於水退後第一時間進入清理外，行政院已整合完成環境清理救災資源（包括環保署、衛生署、國防部、內政部、青輔會、當地縣市及民間業者等），與地方政府包括鄉、鎮、市公所及村里共同執行，針對受災地區展開家園環境清理整頓工作。相關資源及人力整合及已完成執行之成果現況，於98年8月14日下午15：00，在屏東縣崁頂鄉北勢村北勢路51號進行環境整頓程序及成果說明。
行政院環保署表示，此次水災發生後，中央及地方環保清潔人力均已積極準備並投入居家環境清理工作，從廢棄物的收集清運、清除淤泥、清洗街道、環境消毒、家戶衛生清理等，在規劃各方積極配合的作業程序下，已初步展現成果，部分受災地區並已恢復整潔衛生。
行政院表示已整合完成資源包括廢棄物清理機具2,409台，消毒設備1,994台，固體消毒藥劑14,462公斤、液體消毒用藥224,054公斤，洗街車41台，人力資源近17,000人。透過跨部會之整合，針對居家環境受災水退的地區30,000公頃，展開家園清理工作，相信在政府及民眾的同心協力下，受災地區將逐漸恢復整潔衛生。
除屏東縣外，其他受災較嚴重地區包括高雄縣、台南縣、嘉義縣、台東縣等，亦已同步展開，估計受災地區主要街道廢棄物清理工作可於3日內完成。全國各地受災地區，在政府與民眾攜手努力之下，即可恢復清淨與衛生的居家環境。