台灣地區目前開發完成且設有聯合污水處理廠之工業區已達66處，其污染物排放量約佔全國事業水污染源之25 ％，有鑑於妥善管理工業區污水下水道系統，對於改善水體環境品質具有事半功倍之效，環保署近年來積極推動6項重點革新管制作為，已使工業區廢污水放流口下游測站COD平均值，由93年度之47.93 mg/L，逐年降低並改善至98年之26.54 mg/L，顯示各項措施之推展，水體水質改善成效顯現。
於工業區污染源源頭管理部分，為提升管理機關(構)之管理成效，從區內事業即開始改善污染情形，環保署近期公告修正「水污染防治措施及檢測申報管理辦法」，新增集污管理專章，要求下水道管理機構應輔導巡查納管用戶前處理設施之功能及操作、定期評估檢討污水廠處理設施能力及必要時應提報污染總量削減計畫。另本次修正一併新增自動監測(視)及連線傳輸章，要求工業區污水下水道系統污水廠放流口應設置水量、水質監測設施及攝錄影監視系統，以使管理機關(構)及主管機關對於異常排放情形，可即時預警應變採取措施，降低影響程度。
在放流水之排放管理部分，有鑑於單一水樣最高限值方式管制，無法反映聯合污水處理廠之處理功能及長期放流水品質，環保署遂於98年7月28日公告修正放流水標準，針對工業區專用污水下水道系統，於100年起新增混合水樣7日平均限值之管制，並自105年起，提升部分工業區放流水標準最大限值及7日平均限值，環保署評估該項措施對於引導管理機構落實前處理管制，改善污水廠調勻能力，提升日常操作及放流水品質，頗有助益。
在精進行政管制作為部分，(一) 自93年起，訂定工業區專案稽查管制計畫，以行政指導方式，引領地方環保局針對污水廠及當年度重點行業進行密集稽查，遏阻違法排放行為發生；(二)於 98年度研發全天化自動化網路化之自動監測採樣車輛，以現代化之設備，降低人力負荷並提升稽查採樣成效；(三) 於99年1月公告「工業區專用污水下水道系統水污染防治稽查及裁處作業要點」，以「深度查證、有效裁罰」之精神，督促下水道系統面對自身問題，積極改善；(四)自99年度起，定期與工業區主管機關共同召開聯繫會報，藉由協調與互助，共同降低工業區污染排放情形，創造工業與環境雙贏局面。
環保署表示，經濟部工業局已於98年起，分4年辦理「北中南老舊工業區之更新與開發計畫」，預計以34億經費，辦理工業區污水處理廠擴建與功能提升，並進行污水管線之更生汰換，以積極正面配合本署近期推動之各項管制作為。環保署預估，單以新增7日平均值管制而言，已可降低工業區污水下水道系統15％污染排放量，再搭配其他管制措施之執行，預期環境水體之品質，將可有顯著之提升，未來另將持續推動其他革新管制措施，如：個別許可加嚴，以達成水污染防治法賦予之「維護生態體系、改善生活環境、增進國民健康」之使命。