環保署表示，水污費徵收係基於污染者付費原則，為水污法明文規定需辦理事項。該署自民國95年起，每年即依法編列水污染防治基金預算送立法院審查，惟連續3年皆遭立法院刪成1千元，而未開徵。環保署表示，98年預算亦依法編列6千萬元，將持續與立法院溝通，徵收時間將俟立法院預算審查通過始徵收。環保署每年向立法院爭取，並非起因於兌現馬總統執政後興建污水下水道的政策宣示。
環保署說明，未來水污費確定徵收後，將依據立法院先前決議，先向事業及工業區污水下水道系統徵收，徵收第4年起，再向家戶及公共下水道系統徵收。初期為減輕業者負擔，將採分年打折方式徵收，開徵第1年打5折徵收，第2年打6折，至第6年時始全額徵收。環保署指出，由於水污費的繳費金額係依據排放的污染量計費，污染排放量越少，需繳的費用越少，如此可以促使污染減量。該署預估開徵第一年，八成業者年繳金額在1萬元以下。
至於家戶水污費部分，已接管下水道的家戶由於已繳下水道使用費，該署僅針對未接管下水道的家戶徵收水污費，以符合公平正義原則，預估每戶每年年繳約1千元。
另徵收所得經費將專款專用於水污染防治工作，以加速水體水質改善。徵收的水污費，將依水污法第11條法定用途，優先用於地面水體整治、河川沿岸生態工法改善工程操作維護，以及輔導事業進行廢水處理改善、水污染防治技術研發等，以加速提昇河川水體水質改善。此外，亦將部分經費挹注相關目的事業主管機關如經濟部、農委會、內政部做為工廠、養豬場污染改善輔導及公共下水道建設營運等用途。