環保署業於民國95年12月27日修訂公告「固定污染源空氣污染防制費收費費率」，新費率將大幅修正現行固定污染源空氣污染防制費收費費率，將環境損害納入考量，並參考個人所得稅計稅方式，由現行依排放濃度決定費率方式，改採排放量累進方式決定費率，同時開徵固定污染源揮發性有機物空氣污染防制費，預估可減少硫氧化物排放量8,000公噸、氮氧化物9,000公噸及揮發性有機物2.1萬公噸，新費率自民國96年1月1日實施。
鑑於近年臭氧已成為國內空氣品質不良PSI大於100主要污染物，占94年空氣品質不良日數比例高達57%，為改善國內近年空氣品質臭氧污染逐年惡化，環保署除積極研擬排放管制外，並於95年7月~9月間，針對固定污染源空氣污染防制費收費費率修訂，密集與經濟部工業局及公會進行10次研商及公聽會議，並針對新開徵之揮發性有機物空氣污染防制費收費費率，於12月12日再次邀請經濟部工業局與影響較大之業者進行研商，參考業者所提建議後，將原訂揮發性有機物每公斤20元，調整為12元，期以減少業者在空氣污染防制費上之支出，促使業者將節省之空氣污染防制費，轉為積極投入污染防制作業，以符合污染減量之管制目的，與開徵空氣污染防制費之精神相同。
環保署表示，現行硫氧化物及氮氧化物空氣污染防制費收費費率，係依不同防制區別及排放濃度來決定費率；而新的收費費率，除原先防制區別仍保留外，將參照個人所得稅計算方式，改採排放量累進方式三級計費，硫氧化物每公斤費率5~8.5元、氮氧化物每公斤6~10元，同時，考量稽徵成本及減輕小型污染源業者負擔，加入基本費觀念，只要單一污染物排放量低於1公噸，則每一污染物每季僅需繳納450元基本費；另對加裝污染防制設備或製程改業，使排放濃度低於100ppm，或者氮氧化物濃度比現行排放標準值低50%以上，而且該污染源排放量占全廠總排放量30%以上者，可享有八折優惠，最高折扣可達四折，如果排放濃度低於50ppm，則該污染源排放量得以九折計算，所以做得愈好，折扣愈高，相對繳費愈少。
本次修訂另一重點，係增訂揮發性有機物空氣污染防制費費率，環保署考量給予業者因應改善時間，故將分二階段實施，第一階段自96年1月1日起實施，採單一費率計費，每公斤12元，同時考量稽徵成本，訂定揮發性有機物起徵量為1公噸，故每季排放量1公噸以上才需計費；第二階段自99年1月1日起實施，收費費率比照硫氧化物、氮氧化物方式，依防制區別，採排放量累計方式三級計費，費率介於每公斤15~30元，計算排放量時，也得扣除起徵量1公噸；對有效收集至控制設備或製程改善及其製程能有效減少揮發性有機物排放，且排放削減率大於或等於95%者，可享四至八折的優惠；另對排放揮發性有機物中含有：甲苯、二甲苯、苯、乙苯、苯乙烯、二氯甲烷、1,1-二氯乙烷、1,2二氯乙烷、三氯甲烷(氯仿)、1,1,1-三氯乙烷、四氯化碳、三氯乙烯、四氯乙烯等13種有害揮發性有機物時，依前13種有害揮發性有機物排放量，加徵空氣污染防制費，除甲苯及二甲苯，因原料成本低，且暫無替代品，故費率訂為每公斤5元外，其餘11種揮發性有機物費率為每公斤30元，以促使業者減量或改用其他低污染原料。
另為鼓勵業者減量，環保署正研擬獎勵補助辦法，預計規劃將部分徵收金額用於補助業者加裝及有效操作污染防制設備，落實污染者付費，進行污染改善者受惠之目的，藉由「誘因制度」及「行政管制」雙軌並行之方式，達到最大污染減量成效。
為創造永續經營之環境，環保署希望透過新的費率機制，促使業者除在經濟發展上努力外，亦應善盡環保責任，以達經濟與環保雙贏的目標。新收費費率詳細內容，可至環保署網站（網址：http://w3.epa.gov.tw/epalaw/index.aspx）「最新環保法規」網頁查詢。