關於九十一年十二月六日報載「永續台灣的願景與策略白皮書」指出，台灣河川的污染改善情形不明確乙節，環保署就其權責說明相關辦理情形如後。
為維護改善河川水質，創造良好的生活環境，環保署自早期推動淡水河的污染整治工作，至目前已達到不缺氧的目標，魚類也逐漸增加。其後，環保署於八十七年執行飲用水水源水質保護綱要計畫，優先整治供飲用水源的高屏溪、淡水河、頭前溪、大甲溪及曾文溪等五流域，削減區域內六十四萬頭豬隻污染，水源水質獲大幅改善，一千二百萬人飲用水源獲得確保。
為持續推動河川污染防治，並提高未受污染河川河段的比例，環保署郝署長，於今(九十一)年初已宣示九十一年為河川污染整治年，優先選定的重點河川包括南崁溪等十三條，期望不分南北東西逐步整治全台灣的河川流域。選定的優先重點整治河川包括屬重要水源保護區的淡水河、中港溪、烏溪、北港溪、朴子溪及高屏溪；屬灌溉水源的南崁溪；出海口為海域生態敏感區的客雅溪；污染嚴重亟待改善的將軍溪、鹽水溪、二仁溪、典寶溪及鳳山溪。
環保表示，除淡水河已納入「淡水河系污染整治後續實施方案」持續整治外，其餘十二條河川同時亦加強執行，並依各河川的計畫目標及預定進度辦理中，至九十一年已初獲成效，污染整治綱要策略主要係以河川水岸生態復育及河川水質維護與改善為主，執行內容包括已於四流域推廣河岸綠美化，並增加民眾親水空間，包括二重疏洪道在內，歷年完成的綠美化面積計約一千七百餘公頃；於六流域推廣生態園區及親水空間設置；於四流域推廣自然淨化工法。另維持養豬拆除成果部分，水源區內航空遙感探測工作已全數完成，涵蓋區域達三十六萬公頃，俾有效防止養豬場復養。並於農業地區鼓勵低污染養豬技術，於三流域推廣；垃圾清除及環境髒亂點清理部分，淡水河系自八十二年起即陸續移除沿岸圾垃場圾垃超過九百萬噸，另預計於九十二年十二月底前完成五十一處河川行水區圾垃棄置場的清除處置與復原清除。此外，為鼓勵民眾參與，並協助成立志工巡守隊計七流域九十一隊。
環保署強調，該署已動員地方政府及各級環保機關，並積極協調各部會共同推動相關工作，以求符合民眾對河川污染整治成果的期待，未來該署並將秉持積極的精神，朝回復河川多樣風貌的方向，持續努力。
九十一年南崁溪等12條河川之親水建設成效
一、 南崁溪：完成蘆竹鄉2處、桃園市1處河岸綠美化等3處場址選定。
二、 客雅溪：辦理出海口附近生態保育園區及濕地復育規劃設計5公頃。
三、 中港溪：規劃設計中港溪口官義渡生態園區5公頃、中港溪田美大橋段綠美化0.5公頃。
四、 烏溪：辦理支流大里溪高灘地生態綠美化施作約11公頃，另規劃彰濱溼地300公頃生態園區，增加民眾親水空間。
五、 北港溪：目前已完成北港大橋﹝朝天宮﹞段及興南大橋﹝虎尾糖廠﹞段2處綠美化細部設計規劃，約8公頃，預期可增加民眾休憩空間。
六、 朴子溪：預計至91年底將可完成屯仔頭三公頃之親水生態園區，另並完成六處24公頃生態園區之細部設計。
七、 鹽水溪：暫無。
八、 將軍溪：91年完成完成2公頃河口紅樹林復育。
九、 二仁溪：91年完成16.54公頃黃金海岸綠美化細部設計、2.16公里河口生態園區規劃。
十、 典寶溪：暫無。
十一、 鳳山溪：暫無。
十二、 高屏溪：91年規劃30公頃，施工完成5.7公頃。