翡翠水庫為大台北地區400萬人的主要飲用水供水來源，依行政院環保署監測資料顯示，每年平均卡爾森優養指數多在40與50之間，水質尚未達到優養狀態；但因受人為活動的影響，近年水庫水質已出現警訊。依環保署監測結果分析，翡翠水庫76年至86年10年間，僅於77年出現2個月份的優養狀態，而87年至94年3月的7年間，則出現10個月份的優養頻率，需即早因應，保護水庫水質。
為了讓翡翠水庫水質更佳，讓民眾安心，塑造健康的生活環境，環保署與臺北翡翠水庫管理局攜手把關進行整治。環保署說，翡翠水庫主要污染來源為5條入庫溪流--北勢溪、逮魚堀溪、金瓜寮溪、後坑子溪及火燒樟溪集水區內之茶園、果園及山坡地開發等，所產生之非點源污染。
為解決因暴雨沖刷帶下來的污染，環保署補助翡翠水庫管理局在北勢溪渡南橋完成設置0.1公頃的試驗性人工溼地，收集處理鄰近居民之生活雜排水及下雨時附近林地及茶園的表面逕流水，藉由植物的吸收、收割及土壤的細菌與原生動物作用，每日處理50公噸的污水。這個工程可去除翡翠水庫優養的關鍵污染物--總磷，可去除所收集污水48﹪以上的總磷，其中溶解在水中的磷酸鹽去除率則可高達70﹪以上。相對於一般以加入化學藥劑沉澱去除磷的方法，更為生態且經濟有效。
環保署又說，去除水庫營養鹽的方法，除了人工溼地為不錯的選擇外，翡翠水庫管理局亦進行人工浮島的試驗，利用浮島上種植之水生植物及下方加掛繩狀濾材，來去除水庫水中的營養鹽與攔阻懸浮物，以減少水體水質優養化的現象，試驗結果顯示，也有相當的去除量。
環保署進一步表示，人工溼地、人工浮島常為國外用來作為削減集水區的營養源污染。例如日本福島縣度良瀨水庫以種植蘆葦床的人工溼地，4年來總磷的平均去除率為26.7﹪，單年平均甚至可達40﹪的去除率。美國明尼蘇達州為改善湖泊水質，以人工溼地處理含氮磷的污水，總磷去除率亦達39﹪。
針對本項計畫執行成果，環保署與翡翠水庫管理局訂於94年5月20日在翡翠水庫管理局召開「翡翠水庫入庫溪流生態工法水質淨化評估與模型試驗計畫」成果發表會，與國內學者、專家分享整治經驗，並將邀請國外專家蒞臨切磋。環保署說，將持續在翡翠水庫的主要非點源污染源設置人工溼地，及規劃調查適當地點設置人工浮島及綠帶，並推廣在集水區以生態工法去除營養鹽的成功經驗至全國各面臨優養化的水庫。