為根本解決畜牧廢水對河川水體之污染，環保署除持續加強污染稽查，並要求正常操作維護廢水處理設施外，另亦推動養豬廢水資源化，將豬糞尿轉化為生質能源，由源頭進行污染減量，並減少甲烷之溫室氣體排放。
環保署表示，畜牧廢水有機質含量高，其廢棄污泥經適當處理，可轉化為有用的生質能。95年該署補助屏東縣環保局合作辦理「屏東縣武洛溪流域畜牧廢水整治及有機廢棄物共同處理與資源化利用可行性評估」示範計畫，於六塊厝污水處理廠建構試驗模廠，利用畜牧廢水污泥、廚餘及果菜市場廢棄物為原料，進行消化處理之技術與經濟可行性評估。
該示範計畫利用已興建完成之六塊厝污水處理廠餘裕量處理，預計每日處理200噸之有機廢棄物，每日可削減有機物8.4噸化學需氧量(COD)。產生之沼氣可達4,000-8,000立方公尺，以平均6,000立方公尺計，每日發電量即達15,000度，約等同於一座耗資億元興設之2百萬瓦(MW)風力發電機組；如將沼氣直接提供熱能利用，則相當於5公秉油當量(5KLOE)熱能，約可替代14噸之二氧化碳削減量。計畫預訂於97年2月執行完成。
環保署表示，該計畫執行完成如評估成效良好，未來該署將與農委會、經濟部能源局合作，於養豬業集中之區域，推廣設置處理實場，以削減養豬廢水及其廢棄污泥排入河川，有效改善河川水體水質，並於國內建立養豬廢水共同處理模式，進一步發展我國生質能源技術與產業。
另有關媒體報導「國內河川污染創新高」與事實不符，依環保署監測資料分析89年至96年8月各污染程度比例，輕度污染河段比例呈穩定趨勢，嚴重污染河段比例亦呈下降趨勢(12.1%→8.1%)；惟96年1-8月各河川測站之RPI數值，因懸浮固體濃度偏高(溶氧、生化需氧量及氨氮等則均於正常範圍)，且集中於大甲溪、濁水溪及高屏溪等，致嚴重污染程度比例值較高，研判可能因為河川上游不當開發行為造成崩坍及大雨沖刷所致。