畜牧業放流水標準罰鍰雖調降，環保署為改善及維持河川水質，仍持續鎖定污染源，不定期擬定稽查管制計畫，加強稽查取締工作，其中高屏溪及東港溪流域事業為稽查管制重點。兩流域環保單位列管的事業數，畜牧業即佔約7成，為河川污染主要來源，由於政府為體恤畜牧業及減輕弱勢農民的負擔，於96年12月修法公佈將畜牧業違反放流水標準罰鍰額度調降，但仍有部分畜牧（養豬及養牛）業者輕忽漠視，不妥善操作廢水設施，甚或不處理逕行排放廢水。環保署督察總隊南區大隊自修法後迄今，已稽查發現7家畜牧場，空留廢水處理設備不正常操作，而逕行排放廢水，均已告發處分。
南區環境督察大隊表示，畜牧業放流水管制標準92年11月將化學需氧量（COD）項目由原來的250毫克/公升放寬至600毫克/公升；去（96）年12月12日亦修法將畜牧業違反放流水標準罰鍰額度，從新臺幣六萬元以上六十萬元以下調整為六千元以上十二萬元以下，相較於其他業別的管制已算寬鬆，環保署呼籲畜牧業者基於環境及河川清淨的共同認知，應發揮道德良知，妥善操作廢水處理設施，千萬別存僥倖心理，以身試法。南區大隊並表示，今（97）年度對高屏溪及東港溪流域污染源將繼續列入加強管制對象，並不侷限畜牧業者，對事業如未妥善處理廢水，以致排放廢水未符合放流水標準，除依法處罰鍰外，並通知限期改善，屆期仍未完成改善者，將按日連續處罰；情節重大者，得命其停工或停業，必要時，並得廢止其排放許可證（文件）或勒令歇業。
近年來畜牧業經農政及環保單位積極輔導及稽查管制，已有9成以上設置廢水處理設備，只要提高廢水處理設施之開機率，妥善處理廢水，大多能符合管制標準，對河川水質改善就有相當程度的幫助。環保署並同時呼籲民眾如發現違法情事，可隨時利用公害陳情專線：0800-066666檢舉通報，共同保護我們的生活環境。