環保署表示，國內SARS居家隔離住戶所產生的廢棄物，在國內SARS疫情未明顯擴大前，也就是在四月二十三日和平醫院未爆發集體感染事件之前，係依據行政院衛生署規定，由衛生所人員前往居家隔離住戶服務時一併收集，惟自和平醫院事件之後，基於居家隔離住戶可能暴增的顧慮，環保署考量到衛生單位人員人力不足問題，所以署長郝龍斌在四月二十八日決定，要求各環保局完成相關籌備作業後，由環保單位清潔隊員接手，協助居家隔離住戶垃圾清運工作。
此外，為減低病毒可能擴散的任何機會，對居家隔離產生的廢棄物，環保署要求提高管制標準訂有標準作業程序（SOP）責成住戶收集消毒外，並比照感染性廢棄物的標準進行清除處理，也就是清潔隊員收集之後，仍需委由合格感染性廢棄物清除處理業者清除處理。因此環保署除立即訂出相關作業標準，下達各縣市遵照辦理之外，並先針對北部疫情較嚴重的地區舉辦多場講習訓練，而各地方環保局亦積極進行各項籌備作業，包括取得居家隔離住戶名單、安排清潔人員及車輛、準備口罩、手套、消毒水等防疫裝備、安排清運暫存場所與設施，以及洽商合法廠商簽約等。環保署也同時透過署內各處室隊所，比照限用塑膠袋總動員模式，分轄區督導各縣市加緊相關作業。
至目前為止，以台北縣、台北市等疫情較嚴重縣市動員最快，都已經在上週五之前開始由環保單位接手收集清運，而其他縣市最慢也都在昨天（五月五日）開始收集清運。依據目前各縣市上網回報辦理情形統計結果，各環保局共動用九三八人力，協助完成二、五六四戶居家隔離垃圾清運工作，廢棄物總清運量九．四五三公噸。
另有關收容SARS病患醫院、隔離院所及其他集中隔離處所部分，經環保署清查廢棄物產出量約每日六．三公噸，目前係委託合格廢棄物代清除處理機構清理。環保署要求各地方環保局，加強監督這些廢棄物清除處理過程，確實作好防疫消毒措施，並呼籲所有居家隔離住戶，確實依環保署規定的注意事項，妥善作好居家垃圾消毒與收集工作，相關規定可在環保署網站SARS相關資訊專區上查得。(網址http://www.epa.gov.tw/epasars/index.html)
另為加強戶外公共場所環境消毒工作，環保署特訂頒「為因應SARS疫情環保單位環境消毒標準作業程序」，由各縣市環保局清潔隊，配合衛生單位防疫工作的推動，於特定公共場所及有疑似病例周遭特定地點辦理消毒工作，如SARS感染區建築物之周邊道路二百公尺內為主要消毒區域，消毒對象包括排水溝支渠、公廁、人行道樓梯扶手、行道椅、郵筒、公用垃圾筒等。在居家消毒方面，環保署也提醒民眾應對經常接觸的地方及物品進行消毒，包括
（一）客廳、睡房：(１)門把、窗戶把手、按鈕、電器開關；(２)家具表面（如桌面）；(３)電話、對講機、電腦鍵盤及滑鼠；(４)地氈；(５)梳妝台；(６)地板；(７)玩具。
（二）飯廳：(１)餐桌、餐椅；(２)食具；(３)地面。
（三）廚房及廁所：(１)水龍頭、蓮蓬頭；(２)門杷、窗戶把手、按鈕、電器開關；(３)坐廁及水箱把手、坐墊及蓋板；(４)浴缸及洗手台；(５)地面排水口；(６)垃圾桶；(７)地面及牆壁。