針對北宜高坪林行控中心開放通行的爭議，環保署持續依環境影響評估法監督交通部國工局。環保署說，去（94）年11月11日派員監督結果，交通部國工局未依「北宜高速公路工程—石碇坪林段通車使用管制環境影響報告書及因應對策」（定稿本）的承諾事項切實執行設置「禁止右轉」標誌等，已依違反環境影響評估法第18條第3項處罰新台幣50萬元並依法限期改善，經1月10日派員查驗已完成改善。
環保署表示，本年1月11日再次派員監督，「禁止右轉」的三路口有車輛右轉違反環評承諾事項之情形，該署再依環境影響評估法第23條第1項第3款處分新台幣100 萬元並限期於5月15日改善。環保署強調，改善期限到期後，如仍有違規情形，依環境影響評估法可處以按日連續處罰。
環保署指出，翡翠水庫集水區的污染量，依該署94年中委託台灣大學執行「翡翠水庫水質保護區污染源調查計畫」調查結果顯示，以造成水庫優養化關鍵項目總磷為例，由茶園、農地、林地、市集或草地等經暴雨沖刷產生的非點污染源污染量占72﹪，露營地之遊憩人口、農場之牲畜、污水處理廠排放等產生的污染量占28﹪。
為了遏止因人潮湧進水源區衍生的開發行為及遊憩人口增加造成水庫水質的惡化，環保署於95年1月協商經濟部水利署台北水源特定區管理局、台北縣政府和台北翡翠水庫管理局，推動翡翠水庫集水區水污染管制執行計畫，請各權責機關依建築法、都市計畫法、水利法等法令辦理污染源的管控。
另依95年3月18日行政院蘇院長聽取交通部坪林行控中心是否開放事宜重大議題簡報裁示，翡翠水庫集水區之環境良窳，攸關大台北600萬人飲用水水質，應優先由污染源管制著手，並請該署協調地方政府積極取締翡翠水庫集水區內違法經營露營區等業者，依法查處並於暑假旺季來臨前完成。環保署已依 院長指示於4月17日、4月26日協調相關權責機關推動保護水源相關事宜。除協調相關權責機關依法辦理外，該署並派員7次以上到水源區巡查，發現有違反相關建築法、都市計畫法等疑似情形者，也有13次通報相關權責機關依法處理，以遏止不當開發行為造成污染量的增加。
環保署強調，即使近五年翡翠水庫水質監測結果，水質在貧養及普養間震盪，但保護水庫水質不惡化的立場不變。至於坪林行控中心專用道開放供外來旅客（每日最多4000車次）環境影響差異分析報告，將提明（5）日環評委員會審議，環保署表示，應尊重環評委員之專業審查；部分媒體報導該署主任秘書出席本（4）日上午國民黨團召開有關「北宜高全面開放坪林交流道污染水源」座談會，曾表示反對乙節，經查與事實不符，應予澄清。