繼一般垃圾妥善處理率幾達百分之百後，環保署目前正針對水肥積極推動妥善處理工作。環保署說，我國除了直轄市及省轄市以既有水肥處理廠處理水肥外，對於無水肥處理廠之縣市，將採取多元化方式推動，包括興設垃圾滲出水(含水肥)區域集中處理廠、改善提昇鄉鎮市掩埋場附設的滲出水處理廠功能、協調工業區污水處理廠及下水道污水處理系統等設施處理水肥，使水肥能獲得妥善處理。
環保署表示，水肥是民眾生活中的產物，早期於農業社會時，農民將產生的水肥運至農田當作肥料使用，並無水肥處理的問題。惟隨著都市發展，人口不斷的增加，相對的水肥量亦增加，目前在接管使用污水下水道地區，以污水下水道系統處理水肥，而在未有污水下水道地區，以建築物的化糞池或污水處理設施處理水肥。由於化糞池或污水處理設施處理過程會有污泥沉澱，且因設施有容量限制，故民眾仍需一年清理一至二次沉澱的水肥物質，才可使設施發揮正常處理功能，避免設施阻塞衍生排水及相關臭味問題，但因沉澱的水肥物質具相當的有機性，仍需送至水肥處理廠再行處理，以避免污染環境。
環保署表示，目前水肥清運工作多由民眾自行洽商清理，所以大部份縣市目前無水肥清運確實的統計資料，該署推估目前全國水肥每日清運量約為1,900公噸。由於目前處理水肥的場所只有臺北市迪化臨時投入站（處理量450公噸/日）、新竹市水肥廠（處理量30公噸/日）、台中市水肥廠（150公噸/日）、臺南市水肥廠（60公噸/日）及高雄市水肥廠（處理量200公噸/日）等5場，並非每一縣市皆有水肥處理設施，為避免民間清除業者任意傾倒水肥，影響環境衛生，建置或協調相關水肥處理設施處理有其迫切性需求。
該署指出，水肥除了以水肥處理廠處理外，還可以垃圾滲出水處理廠、工業區污水處理廠、下水道污水處理廠處理。為提供水肥妥善處理去處，目前正推動新竹縣、市及嘉義縣、高雄縣、花蓮縣、南投縣興建垃圾滲出水（含水肥）區域處理廠，並將繼續推動屏東縣、彰化縣、雲林縣、宜蘭縣、苗栗縣等縣進行既有垃圾掩埋場滲出水處理廠改善工程，以協助處理水肥；另外已補助彰化縣經費，於工業區污水處理廠增設水肥前處理設備、補助宜蘭縣辦理水肥投入站設置計畫細部設計及監造費用、補助台中市辦理水肥廠水肥投入口新建工程計畫細部設計費用、同意補助桃園縣污水處理廠設置水肥投入站細部設計經費等。
除積極建置或協調相關水肥處理設施外，環保署為使水肥清除業者了解相關環保法令，建立正確清除觀念，業自94年11月9日起至11月18日期間，假高雄市、彰化縣、桃園縣、臺北縣、臺中市等地各辦理一場水肥清除業者教育宣導說明會，約有100多家水肥清除業者參加，與會業者對環保單位的努力多表肯定，並希望環保單位在未有水肥處理廠的縣市能儘速提供水肥處理設施供業者使用。另該署表示，民眾如有清理水肥的需求，可至本署網站查詢各縣市水肥清除機構名單，網址：http://waste1.epa.gov.tw/Grant/GS-UC60/QryGrantData.aspx。
環保署強調，未來將持續推動水肥妥善處理設施去處工作，以及持續協助縣市儘速提供水肥妥善處理去處，並適時提供經費協助，以使每一縣市皆有水肥妥善處理設施，確保生活環境衛生。