媒體報導有臺東縣農民反映「阻燒稻草導致病蟲害更嚴重」，環保署經洽行政院農業委員會（下稱農委會）確認，並未發現防制稻草露天燃燒有造成病蟲害加劇情形，且農藥使用量亦未增加，請農友放心。
環保署說明，以往農作收穫期間，時有農民採行露天燃燒處理稻草而造成空氣品質不良，甚至降低能見度而影響公共安全。故自107年起環保署與農委會共同推動施用稻草分解菌有機質肥料補助，以加速稻草分解，轉化為養分再循環，不僅改善露天燃燒之空氣污染情形，減少空氣污染物對農民健康的危害，還可避免水稻生長過程缺氮等作物疾病。據統計，111年已輔導施用稻草分解菌面積約達1.3萬公頃。
另外，農委會也整合病蟲害管理政策，藉由多元防制方法控制有害生物族群，以減少化學農藥使用，維護生態平衡。該會並訂定「綠色環境給付計畫執行作業規範」，針對同一田區經環保單位查獲或農政單位判釋有露天燃燒稻草情事，經書面通知達2次者，暫停1次申報繳售公糧稻穀、轉（契）作及生產環境維護等措施及領取農業環境基本給付之資格，以共同推動防制稻草露天燃燒工作。
環保署補充，在111年全國露天燃燒稻草陳情件數約有760多件，處分案計51件，而臺東縣並無處分件數。若因緊急防止傳染病擴散，而經農政單位認定有燃燒受感染動植物之必要時，則可依空氣污染防制法第90條規定，向縣市政府提出實施計畫，經縣市政府核可後即可免依空氣污染防制法予處罰。
環保署強調，持續改善空氣品質為國人共同的目標，環保署針對固定、移動及逸散污染源進行全面性空氣污染管制策略，而禁止各種露天燃燒亦為管制措施之一，且為空氣污染防制法第32條第1項第1款明令禁止之行為。對於稻草去化處理，目前已有現地分解機制及去化管道，供農友配合政策改變過往露天燃燒稻草的作法，呼籲各界應協助傳遞正確資訊，避免國人誤解。