有關台灣人權促進會要求解除阿瑪斯號船員限制出境引起民眾關心部分，環保署做出說明，基於捍衛台灣環境的使命及堅守法律所賦予的權利，環保署必須確保對船東及保險公司求償的債權，對於船長及輪機長的限制出境為短期必要的措施，二船員在國內自由行動並未加以限制，並非漠視人權，而是船東與保險公司藉故拖延，不願意提出適當的擔保，不考慮二位船員權益，反意圖以二位船員限制出境為籌碼，並訴諸媒體獲取輿論同情，環保署深表遺憾，基於保障人權，環保署除對船東及保險公司予以譴責外，仍將盡速謀求雙贏的解決之道。
環保署表示；如果單以人權的角度來看待船員限制出境的問題是有失公平的，船長及輪機長為此次海洋污染當事人，並非是無辜的第三者，以一個簡單的例子來說，就如同汽車的駕駛一樣，身繫著全車乘客的生命安全，難道駕駛可以不負擔肇事責任及賠償的責任嗎？難道只考量外國人權的因素就可無罪遣返嗎！受害者及其家屬是絕對無法同意這樣的說辭，所以只好憑藉法律程序來求得正義公平，在尚未完成程序之前，羈押的動作就成了短期內必要措施，如果雙方有誠意尋求解決之道，相信司機一定可以還其自由之身，但目前的情形並不如預期，環保署的立場就是要捍衛台灣的環境權及對損失求償的保證，一切依法律程序來進行，民眾及媒體應能體會環保署的立場。
對於船員訴諸媒體的行為，環保署深表遺憾，對於二船員與其家屬的要求，環保署也正式做出三點回應，希望可以釐清整個事件的責任歸屬問題，同時也可以讓民眾了解環保署的立場。
一、船長及輪機長為當事人，非為無辜的第三者
阿瑪斯輪擱淺漏油為台灣近十年來最大的油污染案。船長及輪機長為當事人，在我國領海附近漂流十二小時，未向外界求救，直至已擱淺於墾丁國家公園生態保護區前，才由我方主動基於人道及救人第一的立場，冒著幾近十級大浪的危險及險惡海象，全數將二十五員船員救護上岸並妥為安置，且我國本於人權立場，亦立即將無關的船員安排回國。但該船擱淺時，該等船員所有隨身行李於當時都攜帶下船，但居然遺漏最重要的航海日誌，且事後於船上及船身附近均找尋不到，顯有故意之嫌。依我國海洋污染防治法第三十五條規定，「外國船舶因違反該法所生的損害賠償責任，於未履行前或有不履行之虞者，港口管理機關得限制船舶及相關船員離境。但經提供擔保者，不在此限」。依此法令，不論任何國家的船隻造成污染，在未提供擔保前，我國均有權依法限制相關船員離境。該兩位船員之所以暫時不能離境，係依前述規定辦理，絕非漠視人權。
二、環保署有儘早解決問題的誠意及努力，但船東及保險公司故意拖延
環保署在阿瑪斯輪於本(九十)年元月十四日發生擱淺漏油事故後，除積極進行油污清除工作、防止油污的擴大外，並一再由署內同仁及委任律師與阿瑪斯輪船東及保險公司協商相關擔保函的出具事宜，以便保全受害人請求賠償的權利；但阿瑪斯輪船東及保險公司，於污染事故發生後，就有關油污清除及船貨移除作業的進行，環保署為保護已嚴重受損之環境生態，從本(九十)年二月六日起，多次主動與船東進行洽商，惟均一再延滯環保署所定時程，直至本(九十)年四月二十日才與我國交通部簽署備忘錄協議，進行船貨油移除工作。此外，環保署為求儘速並順利處理本次污染事件，亦於二月中旬便委請律師與船東律師就擔保事宜多次持續進行電話、傳真及會議協商，惟始終推諉不願提出適當之擔保，至四月十八日本署委任的律師又再次敦促船東律師，請其儘速協商解決的方案，並於四月二十七日再度函催船東委任的律師，彼等僅函復環保署律師，簡短說明船東等人目前無暇他顧，將再另覓適當時機提出說明，顯無解決誠意。又希臘船東(希方)來台協商的船東代表及保險公司代表及律師於七月十日來華，在全案協商過程中，希方代表常有不守時，會談時間屢屢更動或語出沒必要來台等言行。另希方已將環保署建議案帶回，惟迄今仍未回應。
三、枉顧人權應予譴責者為船東及保險公司
環保署一直努力想解決問題，也未堅持希方所提初步賠償金額高低，僅希望船東明確表示同意接受提出雙方可以接受的擔保函，從未視兩船員為人質以向希方要脅，環保署對本案的處理，純係要求希方提出合理的法律保障。但希臘船東對本事件的處理態度不但不積極，也不考慮兩位船員權益，一再藉故拖延，意圖以兩位船員限制出境為籌碼，混淆國際視聽，基於保障人權，環保署除對船東及保險公司予以譴責外，仍將盡速謀求雙贏的解決之道。