桃園鐵路地下化環評案經環保署召開多次會議詳實審查後，確認已達環境保護目的，才作成通過環評審查的結論，媒體報導「火速通過」「未實質審查」等用語與事實顯有不符。
「台鐵都會區捷運化桃園段高架化建設計畫環境影響說明書」前經環保署於96年審查通過，交通部鐵道局為將前述鐵路高架化改為地下化，於108年5月30日經交通部提出「臺鐵都會區捷運化桃園段地下化建設計畫環境影響說明書」送審，環保署於108年7月11日赴開發當地辦理意見陳述會議及現勘，再於7月22日、10月31日召開2次初審會議，確認相關環境議題及疑慮已釐清並處理後，才提環評委員會審查作成通過之決議。
為提升環評審查效率，環保署環評審查方式係請所有環評委員、專家學者及相關機關於專案小組審查時就相關爭議點進行充分討論及釐清；環保署召開之2次專案小組會議，委員關切討論重點包含「臨時軌具體規劃」「沿線地質、土壤液化潛勢、水文（含地下水文）、土地使用情形、地表建物結構、地下管線分布、區域交通流量」「極端氣候下可能造成之環境衝擊與災害分析」「土石方挖填數量、運輸、暫時堆置、去化等管理規劃及減量可能性」「施工期間空氣污染物排放增量之減輕及抵換措施」「營運期間沿線排氣設施對鄰近民宅之影響」「既有車站、新設車站相關出入口、通風井等規劃」「車站鄰近停車需求規劃、交通影響（含延滯時間）分析」「施工期間對既有壅塞路段、可能影響陸橋、地下道等之具體交通改善作法，及各車站尖峰時間之疏運機制及與地方政府等相關機關之協調作法」「營建工程噪音影響」「各路段及路口之交通指派分析」「溫室氣體排放」等各項環境議題，交通部鐵道局於專案小組初審階段已充分就委員所提意見妥善處理回應及補正相關資料，經確認已達環境保護目的，才作成「建議通過環境影響評估審查」結論，並提環評委員會討論後決議通過。
環保署呼籲，請社會各界尊重環評審查制度及其保護環境的目的，而非僅以環評委員會審查時間長短來進行評斷，抹煞環評委員對於環境之把關。