環保署自民國七十九年開始進行台灣地區酸雨監測計畫，目前設有彭佳嶼、陽明山、台北市、中壢、蘇澳、台中、日月潭、嘉義、台南、台東、高雄、屏東等十二個監測站。依據歷年監測資料，台灣雨水酸化程度較嚴重的地區主要在北台灣，pH值平均在四.五左右，高雄地區雨水pH值平均約在五.○左右，台中地區雨水pH值約在五.五。與中央氣象局酸雨監測資料相吻合。
過去十年，環保署推動了很多的空氣污染管制策略，如最直接有效的管制油品中的硫含量，降低燃料油中硫的含量由七十九年的一•五％降至○•五％，車用柴油的含硫分也自八十二年的管制上限○•三％降至九十一年的上限○•○三五％；大氣中二氧化硫濃度由八十三年的七•五ppb降至九十一年的三•六ppb，降幅逾五成。雖然大氣中空氣污染物的濃度有降低的趨勢，但是酸雨的情況還是沒有很明顯改善，尤其是北台灣地區。
分析污染源的分布情形，許多重工業大多集中於南部高雄地區，但南部地區歷年酸雨的監測結果，雨水酸化情形卻較北部地區輕微，因此北台灣地區的酸雨問題，除了該地區當地污染源排放污染所造成之外，可能受境外污染物傳輸所影響。
今年環保署委託國立中央大學首次於陽明山與彭佳嶼設置兩座酸雨前哨監測站，由一月至九月監測資料發現，該二測站酸雨發生機率高達八十至九十％以上，證實境外污染物傳輸的影響甚鉅，對此現象環保署將密切注意並持續加強相關防制工作。
環保署目前縣有的酸雨監測網已與日本的東亞酸雨測網EANET進行交流合作，並開始進行樣本分析比對與研究資料交換，同時也加入南亞酸沉降觀測網(CAD)，與東南亞國家進行多邊合作與研究資料共享的策略聯盟，此外亦與美國酸雨計畫(NADP) 達成雙方合作與技術交流初步共識，未來台灣酸雨監測及分析方法可與國際同步，並推動區域合作，共同為東亞酸雨防制盡力。