「在這幾天我已接獲一百四十幾封，住在二仁溪畔民眾電子信，強烈表達支持環保署，拆除非法熔煉業，本人在此宣佈今天環保署結合台南縣、市，務必執行此一任務」，二十九日行政院環保署長郝龍斌面對排山倒海來自各方壓力，仍不畏強權，宣佈環保署拆除二仁溪畔非法熔煉業的決心，二十九日六點半一到，台南市分五組台南縣分四組同步進行拆除作業，警方也出動近千名警力支持此一行動，並防止聚眾滋事與強烈抗爭的衝突事件發生。
環保署說：本次拆除對象為台南縣市提報的六十八家名單，計有台南縣二十五家，台南市四十三家，均位於農業區及河川行區的違建，該批非法熔煉廠存在已十多年，污染情形包括熔煉時產生的空氣汙染、粉碎淘選及廢五金回收酸洗作業中廢酸液隨意傾倒的水污染，廢棄灰渣棄置河岸的廢棄物污染及廢五金作業的重金屬直接沖蝕污染土壤，嚴重影響環境品質。環保署強調：本項行動係依違章建築處理辦法第七條規定經公告或書面通知強制執行拆除，台南縣市政府已依違章建築處理辦法完成公告或書面通知熔煉業係屬違章，應自行拆除，因此環保署配合台南縣市政府展開強制執行拆除。
在郝署長下達拆除令後，郝龍斌即在相關工作人員陪同下，頂著炙熬的太陽，至各拆除點巡視，該拆除工作均按進度執行，尚無延後或與民眾大規模抗爭情事發生。本項工作將持續至傍晚，環保署表示：不達目的絕不終止。