環保署南區環境督察大隊與內政部警政署環保警察隊第三中隊前於96年9月5日破獲任意棄置廢酸液致高高屏河川變色污染元兇後，再循線往上追查再利用機構、載運廢酸司機及26家事業單位等，全案計有54位相關人員依違反廢棄物清理法規定函請高雄地方法院檢察署偵辦，並查扣機具24台。
環保署表示，金屬基本工業及金屬表面處理業、製造業產生的「廢酸洗液」經經濟部公告為事業廢棄物再利用種類，惟有部分不肖業者假再利用之名從事非法處理之實，任意將廢酸洗液棄置於河川，遭污染河段經氧化後導致河川以至出海口染成紅棕色。環保署南區督察大隊暨環保警察隊第三中隊除藉由即時追蹤系統掌握廢棄物清除機具的清運作業路線、事業單位及再利用機構上網申報資料外，再配合日夜隨車跟監，終將污染河川元兇逮捕到案，並將再利用機構負責人及載運廢酸司機等9人移送高雄地方法院檢察署偵辦。
由蒐證的申報聯單、地磅單及行車軌跡等相關資料比對結果，獲悉有部分事業單位涉及以多報少、虛偽申報清除車輛車號等不實申報情形，經向高雄地方法院檢察署及台南地方法院檢察署申請簽發搜索票26張，由環保警察隊第三中隊、第二中隊與環保署南區環境督察大隊、中區環境督察大隊人員至屏東縣、高雄縣、台南縣、嘉義縣、彰化縣、南投縣等26家事業單位執行搜索，全案將26家事業單位相關人員等46人依涉嫌違反廢棄物清理法第48條，移送高雄地方法院檢察署偵辦。
環保署呼籲業者，依廢棄物清理法規定有申報義務的事業單位及人員，倘明知為不實之事項而申報不實或於業務上作成虛偽記載之文書，依廢棄物清理法第48條之規定，可處3年以下有期徒刑、拘役或科或併科新臺幣150萬元以下罰金。