碧利斯颱風侵台可能影響飲用水水質。為了確保飲用水安全，行政院環境保護署已督促相關地方環保局加強飲用水水質的抽驗工作。環保署同時呼籲，在颱風期間或災後因原水中濁度增高，為加強加氯消毒效果，自來水公司會增加加氯量而使得水中之消毒水味較平時重，用戶宜煮沸後再行飲用，以確保安全。
環保署表示，若家中蓄水池淹水，災後應抽乾水池洗刷乾淨後再予適當消毒，才可繼續使用。消毒方式可用漂白粉或漂白水稀釋成百萬分之五十至一百（約每10公升清水中加入5至10公克漂白粉或漂白水）來刷洗蓄水池或水塔，刷洗時應注意安全及通風，較慎重的方式是委託自來水事業單位輔導之蓄水池（塔）清洗業清洗消毒。相關之清洗業廠商名單可向台灣省自來水公司（電話：04-22244191~9）或台北自來水事業處（02-87335678）詢問，或自行上網查詢（台灣省自來水公司網址為：http://www.water.gov.tw/；台北自來水事業處為：http://www.twd.gov.tw/）。
若是飲用井水或山泉水等簡易自來水用戶，管理單位於災後應清除水井或水池之污泥並洗刷乾淨，必要時應施以消毒後再重新使用，且飲用水應經過消毒或煮沸後才可飲用。