環保署於104年3月31日修正發布「水污染防治費收費辦法」，全文23條，本次共修正18條，刪除2條，新增2條，主要係配合立法院決議內容將畜牧業納入第3年起徵收，有害健康物質由第4年調整為第1年起徵收外，並定於104年5月1日開徵水污染防治費。
環保署表示，為廣徵各界意見，於去(103)年12月8日、18日、19日及23日召開4場次研商公聽會，與會各產官學界與環保團體針對收費辦法之內容討論熱烈，本次修正已參考各界意見。修正後，徵收方式如下：
一、徵收對象：第一年對象為畜牧業以外之事業及工業區專用污水下水道系統、第三年對象為畜牧業、第四年對象為家戶及公共污水下水道系統等（徵收對象及期程詳如表1）。
二、徵收項目及費率：包括化學需氧量、懸浮固體、鉛、鎳、銅、總汞、鎘、總鉻、砷、氰化物及其他經中央主管機關指定公告之項目。同時開徵後第一年徵收對象之徵收項目之費率，化學需氧量每公斤12.5元、鉛等有害物質則為每公斤625至31,250元，如表2所列。
三、費額計算：事業及工業區專用污水下水道系統繳納之費額為各徵收項目之排放水質乘上費率，再乘上排放水量，即：
費額＝Σ〔(排放水質×費率)i ×排放水量〕（費額試算案例如附件1）
註：i係指各徵收項目。
四、申繳期限：每半年徵收1次，業者於每年1月及7月底前申報繳納前1期（半年）之水污染防治費。為減緩衝擊，開徵第1年第1次申報繳納期限將延長3個月（由7月底延長至10月底）。
五、申繳方式：申報方式將以網路為主、書面為輔。
六、費額優惠
（一）為減輕產業衝擊，費額採逐年折扣方式，第1階段徵收對象第1年之費額打5折，至開徵第6年始全額徵收。（如表3）
（二）為達成促進及獎勵污染者污染減量之目的，事業及污水下水道系統排放之廢（污）水水質低於放流水標準最大限值濃度一定程度者者，將依污染減量的多寡予以8折至1.5折不等之優惠。（如表4）
環保署指出，水污染防治費開徵初期以最小衝擊，程序簡化為規劃方向，事業、污水下水道系統應及早因應，朝提升廢污水處理效率，降低排放水質濃度，或進行回收再利用等節水省水措施，減少排放水量，即可減少繳交之水污染防治費。水污染防治費將運用於水污染防治工作上，以保護及提升水體水質，改善生活環境，增進國民健康。