苗栗縣境事業廢棄物再利用機構眾多，雖解決部分事業廢棄物最終處理的問題，惟為防範不肖業者以合法掩護非法超收事業廢棄物任意棄置或掩埋，造成環境污染，環保署環境督察總隊中區督察大隊於96年初訂定「96年度苗栗地區事業廢棄物再利用機構污染源專案督察管制計畫」，以防杜不法情事。
環保署表示，苗栗縣列管檢核通過事業廢棄物公告再利用之機構共計61家。96年度中區大隊執行該計畫總計稽查121廠（場）次，查獲違反環保相關法令告發18件；其中發現有8家業者本身為合法的再利用機構，然其再利用的容量或能力不足，卻仍超收並貯存大量事業廢棄物，且未依規定上網申報廢棄物收受及再利用情形，明顯違反廢棄物清理法第31條及第39條的規定，均遭告發處分。
環保署說，經過中區大隊一年來積極稽查，苗栗地區幸未發現因不法行為而造成重大環境污染事件，顯示專案稽查已有效嚇阻不肖業者以合法掩護非法的行為。