環保署針對桃園縣政府101年2月14日未依環境影響評估審查結論及水污染防治法相關規定，逕予核發友達公司原排放許可證展延之違法行政處分，2月17日去函要求桃園縣政府予以更正未獲回應，該署回應新竹縣政府之請求，於3月15日已依行政程序法第117條規定，去函桃園縣政府予以撤銷其展延許可。
有關地球公民基金會對於桃園縣政府逕自違法給予友達光電排放許可展延案，環保署竟然不聞不問的不實指控，環保署特予澄清說明如下：
一、 桃園縣政府辦理華映及友達公司二事業排放許可變更承受水體申請案審查期間，該署至少9次函示行政指導桃園縣政府說明法令，並邀集相關機關召開6次協調會，協調許可改排事宜。
二、 審查期間為確保新竹縣境霄裡溪水體利用及水質安全，環保署積極採取下列污染削減作為：
(一)強化污染源管制：該署於99年12月15日增訂光電材料及元件製造業之放流水標準，加強管制高科技工業廢水之排放。期間並曾4次委託專家協助二事業廢水處理改善。
(二)河川水質定期監測：該署每月定期監測霄裡溪(三聖橋測站)水質。近2年(99-100年)監測除錳之外（為該區域地質所致），鎘、鉛、六價鉻、汞、硒、銅、鋅及銀等重金屬項目，符合陸域地面水體保護人體健康相關環境基準。
(三) 確保飲用水安全：該署協調相關機關完成霄裡溪沿岸22戶民眾自來水裝設，並定期檢測飲用水水質。99至100年該署督導新竹縣環保局完成稽查該區內自來水淨水場水源水質48場次，全數符合飲用水水源水質標準；每月定期抽驗該區自來水水質，共913件，全數符合飲用水水質標準。
(四) 符合灌溉用水水質：該署100年9月28日召開研商會，要求華映及友達公司提出水質改善計畫，改排過渡期間排放於霄裡溪之放流水質不得影響霄裡溪正常灌溉用途。二事業及桃園縣政府已依環保署要求時程及方法執行廢水的減排，並設置水質自動連續監測系統監測水質變化。自3月1日起霄裡溪龍興大橋之導電度符合灌溉用水水質標準750μs/cm之目標，依據該署3月13日檢測結果，龍興大橋之導電度為365μs/cm。
環保署依行政程序法第117條之規定，撤銷桃園縣政府101年2月14日所作友達公司原許可證展延核准之違法行政處分。並考量友達公司自99年4月起，即依環保署環境影響評估審查委員會第177次會議決議，向桃園縣政府申請變更承受水體至老街溪，惟桃園縣政府未依相關規定審核致延宕未定，環保署依行政程序法第118條規定，明定桃園縣政府目前展延友達公司之排放許可證自101年3月30日失其效力。環保署表示，桃園縣政府應於此期間依法完成審核。