馬總統在97年5月20日就任後，環保署為落實 總統「健康、永續、顧台灣」環境政見之172項該署應辦事項，秉持著 總統環保理念，全力以赴，除立法法案等事項仍持續辦理外，已完成115項應辦事項，三年來成效顯著，廣獲各界高度肯定。
環保署表示，在環境資源組織建置、環境教育立法、節能減碳、溫室氣體減量、加強河川整治、廢棄物減量回收及清淨家園等，均有具體重要成果，摘述如下：
一、組織建制：規劃整合各部會相關單位組成環境資源部，俟101年正式運作將可整合污染防治及自然保育工作，健全決策機制、強化行政效能。
二、立法推動：經過環保署18年的努力，於99年6月5日完成環境教育法立法工作，使我國成為環境教育立法的國家，並自100年6月5日開始施行，將可提昇全民環境素養；另溫室氣體減量法（草案）、空內空氣品質管理法（草案）等法案，立法院正審議中。
三、改善空氣品質：空氣品質對人體健康不良影響率(PSI>100)比例由96年3.68%，降至99年1.44%，為近5年同期最佳，亦是改善幅度最大的一年。
四、推動低碳運具：自97年至99年底止，共補助及推廣民眾購買使用電動輔助自行車、電動自行車、電動機車、油電混合汽車及油氣雙燃料車共達56,902輛。並透過部會協商，由財政部於98年2月23日發函認定油電混合動力車為電動車之一種，減半徵收其貨物稅。立法院亦於100年1月10日修正通過貨物稅條例，免徵電動車貨物稅，有效降低其售價。
五、推動溫室氣體減量：除溫室氣體減量法立法工作，並推動溫室氣體盤查登錄管理平台，已有341家廠商自願提報，占工業及能源部門排放量85％；加強國際碳權合作，規劃碳權交易與鼓勵企業減碳，自願減量達3,300萬公噸。我國97年燃料燃燒排放二氧化碳(CO2)，較96年減量達4.1%，為20年來首度呈現的負成長，98年更較97年減量幅度達4.9%。
六、加強水體水質淨化：推動都會型河川整治復育，截至99年底，完成高雄市鳳山溪及屏東縣萬年溪整治工程，受惠人口數達55萬，並持續推動新北市中港大排等3條都會型河川復育整治，總受惠人口數可達137萬人。全國嚴重污染河段長度由96年196.3公里降至100年截至3月底168.3公里，減少28公里，顯示河川水質正持續改善中。
七、推動一般廢棄物減量分類及資源回收：至100年2月止，每人每日垃圾清運量為0.475公斤，較歷史最高年(87年1.135公斤)減少56.13%，較96年(0.583公斤)減少18.52％。至100年2月止，資源回收再利用率已由96年42.96%提升至56.77%，提高13.81％。
八、推動全民綠色消費：輔導販售業者10,353家門市轉型為綠色商店，提供一般消費者便利的綠色採購管道，同時建置產品碳足跡標示制度，成為全球第11個推動碳標籤國家。
九、推動清淨家園全民運動：透過清淨家園顧厝邊綠色生活網（EcoLife），推動複式動員及投入環境美化助理員下鄉輔助，推動村里社區環境衛生在地扎根，並執行登革熱三級複式動員檢查，去除戶內外孳生源共27,002處，清除容器399萬個，空地清理5萬餘處，廢輪胎清理19萬個，並提升臺灣公廁列管數及整潔品質達優等級以上比率達93%（45,327個公廁）。
環保署表示，將持續凝聚各界力量，貫徹 總統環境理念，建構低碳、循環、健康、永續的新臺灣，並開啟中華民國第二個百年永續發展里程。近三年施政績效成果建置於環保署首頁（http://www.epa.gov.tw），提供民眾上網查詢。