為確保卡玫基颱風後的飲用水品質，自來水公司及環保機關在災後立即進行水質抽驗，到20日為止，高屏地區共抽驗120件水樣，檢驗結果顯示，餘氯濃度介於每公升0.2毫克至1毫克之間，濁度大致介於0.2-2.0濁度單位（NTU）之間，pH值約在7-8之間，均合乎飲用水水標準，民眾可以安心使用。卡玫基颱風帶來豪雨，供應台南、高屏地區自來水水源的台南縣南化水庫及高屏溪攔河堰水源濁度升高超過自來水廠處理能力，造成台南縣50萬戶及高雄縣、屏東縣17萬戶一度停水，昨（19日）已恢復正常供水。另新竹縣、苗栗縣、台中縣市、南投縣、彰化縣、雲林縣等縣市共抽驗61件，亦合乎標準；其他地區則自來水設施都正常運作無異常。環保署表示民眾也可以利用你家的自來水帳單上的自來水公司服務電話去了解供水品質。
環保署呼籲淹水地區民眾，飲用水要煮沸後飲用。水災後，因水源濁度高消毒劑量較平常高，若感覺消毒劑味道較濃，可多煮沸3-5分鐘。水災後，蓄水池也必需清洗，以確保飲用水安全。
環保署也表示：此次水災淹水面積廣大，沈世宏署長19日前往台南縣、彰化縣、雲林縣等縣勘察，期勉各縣(市)環保單位啟動互相支援機制，務必在週日(二十日)午夜前協助相關管理單位清理主要街道環境，不要影響21日民眾上班，並希望民眾能積極配合主動清理積水容器，以免登革熱病媒蚊孳生，引發疫病流行。