精進監測技術是環保署持續在努力的課題，目前全國77個空氣品質監測站均設有PM2.5自動監測儀器，其優點為可提供每小時最新資訊，讓民眾即時可查閱，然而其缺點為易受大氣中溫溼度或其他化學成分干擾而出現誤差；另外，全國設有31個PM2.5手動測站，其監測依照法定檢測方法進行，測值準確，為國際上所採認，用以評估判定空污改善成效，不過採樣時間卻需24小時，實驗室分析超過2週以上，無法即時顯示監測數值。因此，自動、手動監測本來就因不同量測原理存在差異，不可能顯示完全相同數據。
環保署說明，本署PM2.5自動監測儀器108年中換新儀器，109年開始在濕冷的冬季量測，尚不穩定，尤其當空氣中揮發性成分佔比高時，容易與手動測值產生較大差異，有民間團體質疑109年1月22日朴子站手動測值58 μg/m3，而自動測值僅47 μg/m3，就是這個原因，初期3月內差異在4μg/m3內比率為83%，109年3月後漸穩定，至12月比率增至96%，顯示自動與手動測監測數值逐漸一致。目前自動測站器皆已正常運轉，環保署強調，未來會持續精進管理維運，提升儀器監測效能及確保數據品質，提供民眾準確的監測資訊。