土壤及地下水污染造成之影響與其列入管控之時間有密切關係，因此環保署採用地下水監測井採樣及巡查、高污染潛勢區域調查及列管場址巡查等方式，並與縣市攜手合作，以有效預防、確實管控的方式，加強土壤及地下水品質保護工作。
環保署為全面掌握地下水品質及污染潛勢，於全國約450口區域性監測井定期採樣，並利用近1,800口場置性監測井辦理污染調查與查證工作，以加強地下水水質監測、以及污染整治改善為目標。此外，為維持監測井可正常使用，近3年對監測井進行1萬5,300口次之巡視，確保監測井之內、外部功能正常，並能持續發揮污染預警效果。
為即時發現可能之污染情形，環保署主動對高污染潛勢地區包括工廠、加油站、農田等進行土壤及地下水品質調查，尤以農田與食品安全相關、加油站與民眾住宅比鄰，皆是重點調查之類型。因此，近3年已於全國進行3,000場次之採樣調查，即時掌握污染潛勢，保障民眾食品及居住安全。
環保署說明，於調查有污染疑慮之場址，除進行公告列管、處分求償外，亦需即時啟動整治作業，整治期間環保署對列管場址亦進行定期巡查，以近3年為例，已執行4萬3,300場次之巡查，避免列管場址有排放廢（污）水、種植食用作物、非因污染改善所需新建、增建、改建、修建或拆除行為等違法使用情形，並確實掌控場址改善進度符合計畫，使場址整治作業順利執行。
環保署指出，隨著國內高污染潛勢區域調查作業漸趨完全，未來土壤及地下水業務將由調查走向整治，優先加速公告列管場址之恢復正常使用，並將持續進行監測井水質資料監控，以預防勝於整治的觀念，達成土壤及地下水保護之目標。