環保署為降低氨氮進入環境水體及提升河川水體水質，於106年12月25日增訂公共污水下水道系統保護區外之氨氮管制限值。同時為鼓勵公共污水下水道系統收受處理事業廢水、截流水或水肥，以綜合性之廢水水質（包含事業廢水、水肥等）為衡酌基準，並綜合考量全國性實務運作及改善時程，針對流量大於250 CMD，且許可核准收受事業廢水、截流水或水肥之設計最大量達總廢（污）水最大量20%以上之既設廠，採兩階段管制，於110年為75 mg/L，113年為30 mg/L。臺北市針對收受廢（污）水性質較單純之內湖廠與迪化廠（以民生污水為主），基於水體保護之需求，採取更為嚴格而有效之管制要求，環保署予以肯定。
針對現行已收受水肥、截流水或事業廢水，設計最大量達總廢（污）水量20%以上之公共污水下水道系統，第一階段於110年氨氮管制限值定為75 mg/L，主要係衡酌此類污水下水道系統收受之廢（污）水性質來源較為複雜且原廢（污）水中氨氮濃度較高，整體水質變異性大，為鼓勵公共污水下水道系統增加收受截流水、水肥或事業廢水處理，及給予既設公共污水廠投入改善工程，故予定之，然該類對象應於113年符合30 mg/L之管制限值。
氨氮管制標準施行以來，環保署參考現行公共污水處理廠氨氮水質數據顯示，單純處理生活污水、收受水肥及類市鎮污水截流水者，其放流水氨氮濃度普遍低於收受混有事業廢水者之放流水氨氮濃度，顯示收受廢污水類型確實會影響放流水質。環保署於110年4月23日邀集專家學者召開公共污水處理廠放流水氨氮標準研修諮商會，會議共識認為可評估依收受廢水性質再區分管制限值。亦建議臺北市政府就水體保護需求，先依水污染防治法第7條第2項規定增訂或加嚴轄內之放流水標準，或依同法第9條第1項以總量管制方式採取總量管制等行政措施。
環保署持續針對增修放流水標準生效以來之實務執行情形進行追蹤，並廣納各界所提意見，滾動修正，以強化整體風險控管，維護河川水體品質。