98年1月至12月共抽驗自來水水樣計11,127件(105,663項次)，不合格水樣40件(47項次)，合格率為99.64%。不合格項次包括大腸桿菌群1件、總菌落數2件、濁度8件、氨氮1件、鐵2件、錳3件、餘氯6件、總溶解固體量4件、pH值2件、總三鹵甲烷2件、亞硝酸鹽氮5件、色度11件；其中總三鹵甲烷、亞硝酸鹽氮屬影響健康物質。從發生地點來看，台北縣7件、台中縣2件、雲林縣1件、高雄縣1件、台北市3件、連江縣4件、金門縣22件。不合格項目都由環保局依法處罰並督導改善完成。
環保署表示，依飲用水管理條例第14條規定：各級主管機關應選定地點，定期採樣檢驗，整理分析，並依據檢驗結果，採取適當措施。環保署除了督促各級環保機關查驗自來水水質、簡易自來水水質及公私場所供公眾飲用之飲水機水質，並協助抽驗較難檢驗的項目，以確保所有的淨水場及所有的水質項目都經過查驗。分析98年查驗不合格的原因，主要是由於淨水場操作管理不當所引起；離島金門、連江地區不合格比例較高，則除了操作因素外，該地區水源多來自平地水庫，水質易受地表污染影響，水源水質中有機雜質較多，在淨水操作處理上難度較高。金門自來水公司今年將進行榮湖淨水場高級處理設備工程，該署也補助金門縣政府辦理太湖周邊污水截流工程。連江地區則由軍方進行勝利水庫上游營區生活污水處理工程，預計99年底可逐漸完成改善水源及水質問題。
除了自來水水質外，98年抽驗簡易自來水水質314件，7件不合格，不合格項目主要是大腸桿菌群；簡易自來水通常水源水質較好，不合格原因是因為加氯消毒作業不確實，只要確實煮沸就可保障飲用安全。至於飲水機水質共抽驗6,644件，其中各級學校抽驗4,892件全部合格，顯示學校的飲水機水質安全有保障，學生家長無須擔心學校的飲水品質。
環保署表示，自來水是國人最主要的飲用水來源，民眾對於日常生活所飲用的自來水品質十分關切。自來水品質除了各水公司定時執行管制外，加上環保機關定期抽驗，98年平均合格率達99.64%。顯示自來水的品質已有相當程度之安全性與穩定性，就飲用風險而言，偶發性的不合格並不會影響健康，若與包裝水水質比較，自來水須符合59項水質標準，而包盛裝飲用水的水質標準只有10項。因此，飲用煮沸過的自來水安全、健康又經濟。呼籲民眾外出活動時，自備容器裝填煮沸過的自來水飲用，除了減少購買包裝水飲料費用的支出，又可減少保特瓶廢容器產生。