環保署依照103年度立法院審查中央政府總預算案公務預算之決議，於103年11月19日預告修正「水污染防治費收費辦法」，以督促產業儘速將污染地面水體水質之製程改善及降低污染物含量，減少對水體環境之衝擊。
依據立法院最新決議內容，環保署應於103年度起優先針對工業徵收水污染防治費，且第一階段應先排除畜牧業，除原規劃之化學需氧量、懸浮固體項目，更應納入有害健康物質如重金屬、毒性化學物質。所以本次修正重點為優先向畜牧業以外之事業及工業區專用污水下水道系統徵收水污染防治費，畜牧業則調整為開徵第三年起徵收，同時將有害健康物質如重金屬、毒性化學物質項目納入第一階段徵收。
除上述修正內容，環保署將水污染防治費徵收項目之費率列於附表，並增訂應設置水質、水量自動監測設施且以傳輸數據申報之事業及污水下水道系統，其水質、水量之計算方式及申報文件之規定。另為簡政便民提升作業效率，將開徵日至應繳納日期未滿半年之水污染防治費合併於下一期申報繳納。施行日期明定為自發布日施行。
環保署指出，水污染防治費係以排放水量×排放水質×費率計算，事業及工業區污水下水道系統應及早因應，提升廢污水處理效率，使排放水質濃度降低，或進行回收再利用，使排放水量減少，除可減少所繳交之水污染防治費，並可促進污染削減，保護及提升國人共享的水體品質。
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