環保署於104年3月31日修正發布「水污染防治費收費辦法」，同年5月1日起針對畜牧業以外之事業及工業區專用污水下水道系統開徵水污費。依據水污費開徵後於執行申報、審查、查核等作業所遭遇的問題，並強化抽取海水作為排煙脫硫空氣污染防制設施用途之燃煤電廠水污費計費方式，爰檢討現行收費規定之適切性，明確相關規範，並於105年4月1日預告修正「水污染防治費收費辦法」，修正重點包括：
一、增訂燃煤電廠海水排煙脫硫廢水水污費計收方式，並明定其費額計算方式及應提報審查文件等相關規定。
二、考量各業別放流水標準與海洋放流管線放流水標準之管制限值不同，爰增訂以海洋放流管線排放廢（污）水於海洋之水質優惠費額計算方式，以資區別。
三、增訂排放水質得以主管機關查核檢測最大值計算之規定，並修正部分有害健康物質申報值與查核檢測值之差異百分比，減少檢測數據認定爭議。
四、基於核實原則，增列得依足以佐證之資料申報排放水量及運作日數之相關規定。
五、為簡化申報程序，刪除需以網路傳輸申報書及繳款單檔案之規定。另增訂溢繳金額達新臺幣二千元以上者，得申請退費。
六、考量廢水水質特性，餐飲業、觀光旅館（飯店）業產生之單純泡湯廢水，如與其他作業廢水分流收集，並經毛髮過濾設施及懸浮固體過濾設施處理後排放之廢水量，以及新設事業於主管機關核准試車期間所排放之廢（污）水量，均無需繳納該部分水污費。
七、針對未依規定申報或以不正當方法逃漏水污費者，增訂中央主管機關得逕為核定、計算及追溯其應繳費額之規定。
八、明定本辦法修正條文，自105年7月1日施行。
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