基於維護公廁環境衛生考量，衛生紙丟馬桶是世界先進各國實施多年最符合環境衛生之作法。臺北市柯文哲市長常說：「改變臺灣，從首都開始；改變臺北，從文化開始。」李應元署長表示，改變文化，從如廁開始。優質的如廁文化也是健康人權，衛生紙丟馬桶是文化與人權的表徵，推動衛生紙丟馬桶，是態度問題，不是硬體問題，硬體有問題，就逐步改善。
李應元署長表示，文化就是無需提醒的自覺，且約束為自由之母，如廁文化的形塑更需要自覺，推動衛生紙丟馬桶作法是我國如廁文化的重要改變，面對的是文化問題。環保署表示，建立良好如廁習慣、正確的使用行為及心態，亦能提升公廁潔淨品質的管理作法，減少廁間異味及環境衛生髒亂的情形，不論對民眾或是公廁管理單位而言，都是形塑如廁文化的最好時機。
內政部表示符合建築技術規則之建築物，其排水管路及衛生設備（馬桶或大便器），將衛生紙丟馬桶不會造成阻塞，另外，雖我國污水下水道接管率未全然普及，一般建築物仍有化糞池（污水處理池），應定期清理化糞池，以維持正常功能。環保署再次強調，衛生紙為短纖維製造，且未添加濕強劑，遇水易快速分散，正常如廁使用衛生紙用量佔糞便之重量比約為5%，所佔比例不高，丟入衛生紙沖掉亦不致造成馬桶及排水管路阻塞或影響污水下水道系統。目前常見造成馬桶或管線的堵塞物為毛髮、廚餘、垃圾、衛生棉及保險套等，或一次丟入大量衛生紙的不正常使用，這些都是不正確的使用行為，應杜絕這種不良行為。
推動衛生紙丟馬桶，可降低傳染媒介造成感染之風險，也可以減少臭味及蚊蠅孳生等環境衛生問題。針對臺北市近期提出「臺北市宜居永續城市自治條例（草案）」第32條第4項規定「公共廁所應優先宣導使用人將衛生紙投入馬桶，所提供或販售之衛生紙應以能投入馬桶者為限」，環保署對此表示高度肯定，也希望臺北市政府能儘速改善老舊及易阻塞的公廁，提供國人及來臺國際旅客與國際先進國家一致的優質及舒適的如廁環境。2017臺北世界大學運動會世界各國優秀選手即將來臺灣比賽，希望臺北市政府能利用特別預算改善老舊公廁，共同推動衛生紙丟馬桶政策，走向國際化。