媒體於11月16日大篇幅報導後壁鉻米事件，引發食米恐慌，環保署為協助台南縣政府瞭解污染範圍及釐清污染關聯性，隨即於17日啟動緊急應變機制，協助台南縣政府針對超翔科技有限公司周圍300公尺，進行土壤及食用作物的採樣；另外，對於四安段813地號部分，亦擴大附近農地土壤調查及確認灌溉用水情形，與現階段查出之情形作相關比對，以研判污染來源。環保署說，18日已完成二分之ㄧ的污染範圍調查作業，而整個調查工作於19日完成，檢測報告預計於11月30日出爐。
環保署表示，後續檢測結果如顯示土壤有達管制標準情形者，將依「土壤及地下水污染整治法」規定予以管制，並進行污染改善工作，而該農地上的食用作物，亦將依其所訂「處理農地污染事件標準作業手冊」管制、銷燬，並予以補償；如未達管制標準，但已超過監測基準時，也將定期監測農地，並公告監測結果。
環保署表示，本次污染事件，該署亦給予台南縣政府技術諮詢支援，協助其進行土壤採樣規劃，另提供台灣地區及其它國家重金屬相關資料，並於過程中協調行政院農委會藥毒所協助檢驗分析水稻植株之重金屬含量。後續該署仍將持續監督相關情況，以維護國民健康及生活環境。