環保署考量國內產業受國際不景氣影響，業於98年12月31日公告修正自99年1月1日起實施第2期程揮發性有機物空氣污染防制費率及計費方式，以如期徵收、分年優惠費率辦理，以鼓勵業者繼續投入空氣污染防制設備及操作維護管理工作，達到減少揮發性有機物排放量目的。
空氣污染防制費徵收主要係落實「污染者付費精神」，並考量防制成本訂定收費費率，建立經濟誘因，促使業者主動改善，減少空氣污染物的排放，達空氣品質改善目標。考量徵收揮發性有機物空氣污染防制費率對業者的減量及衝擊，分二期程實施，第1期程自96年1月1日起實施，採單一費率計算，每公斤12元， 第2期程自99年1月1日起實施，依防制區別，採排放量累進方式三級計費，費率介於每公斤15元至30元。同時基於維護國民健康，對排放揮發性有機物中之13種有害揮發性有機物加徵空氣污染防制費，除甲苯、二甲苯因原料成本低，暫無替代品，費率訂為5元，其餘11種揮發性有機物費率為每公斤加徵30元，以促使業者減量或改用其他低污染原料。
環保署表示，本次主要在修正揮發性有機物收費費額計費方式，採第一期程揮發性有機物收費費額+(第二期程揮發性有機物收費費額+個別物種收費費額-第一期程揮發性有機物收費費額)後，再乘以優惠惠率，分3年給予不同折扣優惠，99年為0折、100年為3折、101年為6折，自102年1月1日起恢復原第2期程揮發性有機物費率及計算方式。以緩和調整費率方式，降低業者受經濟不景氣影響，克服困難，提升國際競爭力，並持續投入處理效率更佳之污染防制設備，減少排放量及空污費支出，達環保與經濟雙贏的目的。
環保署表示，對揮發性有機物排放管制策略，主要包括採取行政管制及經濟誘因等方式，自96年1月1日起徵收第1期程揮發性有機物空氣污染防制費，配合相關行政管制措施，統計國內業者至少加裝744座污染防制設備，至97年底止，每年皆有效減少1萬5000公噸揮發性有機物空氣污染排放，環保署秉持勤查重罰方式，持續加強固定污染源空氣污染防制費查核作業，倘業者有短報、漏報或應繳未繳違規情節經查證屬實者，依規定處分並追補繳繳空氣污染防制費及加計利息，以落實空氣污染防制費徵收工作。