環保署修正發布「違反水污染防治法按日連續處罰執行準則」、「違反水污染防治法罰鍰額度裁罰準則」及「違反水污染防治法通知限期改善或補正裁量基準」，針對業者違反水污染防治法相關規定，主管機關需探究其違規原因，作為改善期限核定之依據、改善結果之認定，及罰鍰額度裁處之判定要件。違規行為若未於改善期限屆滿前完成改善，將予按日連續處罰；同時違規行為若有不法所得，罰鍰額度另加計不法利得。
環保署表示，現行「違反水污染防治法按日連續處罰執行準則」自92年7月23日發布施行以來，按日連罰的案件八成屬放流水超標態樣，但因以往未就放流水超標探究違規原因要求改善，且改善完成之認定僅以放流水質合格報告作為依據，致無法促使業者確實改善。
為解決現行執行問題，乃修正「違反水污染防治法按日連續處罰執行準則」規定，對於業者放流水超標案件，將依水質超標之原因，據以要求改善；而業者檢送之完成改善證明文件，及主管機關於改善期限屆滿後之查驗，亦將以違規原因之移除成果作為證明及認定，而非以往僅以水質檢測結果作為依據。屆時業者如未於改善期限屆滿前完成改善，將自改善期限屆滿翌日起至違規行為改善完成之日止，依累計之違規日數乘以每日罰鍰額度計算總罰鍰，累積總罰鍰金額可觀，業者將完全不能保有不法利得。
此外，為強化限期改善期間之污染控管，及廢水專責人員及技師角色及功能，該準則亦增訂主管機關得要求業者提報改善計畫書，以利追蹤業者改善進度，而相關改善完成證明須經專責人員確認或技師簽證等，確保業者確實完成改善。
另外，以往對於違規者之違規處分，未衡量除去不法利得，較難遏阻違規行為，爰修正「違反水污染防治法罰鍰額度裁罰準則」，增訂得加計不法利得，不受法定罰鍰上限之限制，以維護公平正義。而對於應立即禁止之行為則不再核予改善期限，避免法律假期，爰修正「違反水污染防治法通知限期改善或補正裁量基準」，規定有限改必要者，方予審酌改善期限。
環保署表示，裁罰制度的精神，在於「鼓勵合法，嚴懲違法」，除本次三項法規修法外，後續將全面檢討健全裁罰制度，以透過裁罰手段，達到維護環境品質及企業公平競爭之目的。