環保署定期辦理水庫水質監測作業，並配合經濟部前瞻基礎建設計畫，致力推動水庫集水區點源污染削減作業，如設置點源總磷污染削減設施及推動劃設總磷總量管制區等，減輕排入水庫污染負荷，改善水庫水質。
為有效掌握我國民生水庫水質變化，環保署自106年起將原每季1次水質監測頻率，提升至每月1次；另配合經濟部前瞻基礎建設計畫，就我國提供民生用水、且水質優養化比率較高之水庫，補助地方政府設置「總磷」污染削減設施，目前石門水庫、寶山水庫、明德水庫及阿公店水庫等4座水庫刻辦理集水區總磷總量管制區劃設作業，另石門水庫、湖山水庫、鏡面水庫、阿公店水庫及牡丹水庫等5座水庫水質改善工程執行中，詳細資料如附表。就離島水庫部分，已在澎湖縣成功水庫設置利用生物網膜(Bionet)曝氣過濾槽及多層複合濾料(MSL)試驗模場處理湖庫水質，目前試驗結果對總磷有削減效益。
環保署表示，已積極推動各項水庫集水區點源總磷水質治理策略，並協同相關機關辦理水庫集水區污染防治工作，如設置污水下水道系統與合併式淨化槽，推動低衝擊開發(LID)、降雨逕流非點源污染最佳管理技術(BMPS)等，期逐步改善集水區水質。