當第一隻小白鷺在整治後的南崁溪畔覓食，紅冠水雞在溪畔人工溼地的草叢中現蹤跡，南崁溪流域污染整治工作，在努力三年後，終於露出生機。
環保署表示，南崁溪主流長度30.7公里，河川水質在89年整治前，嚴重污染河段高達28.2公里佔92%。整治後，93年度嚴重污染河段僅為9.5公里佔31%，改善了18.7公里，嚴重污染河段減少了61%，另提昇1%的河段至輕度污染，顯著的改善了南崁溪水質。
環保署自91年起開始執行「南崁溪流域污染整治計畫」，並推動成立「南崁溪流域污染整治推動小組」，由桃園縣政府黃副縣長擔任召集人，整治計畫主要任務包括：污染源稽查管制及自然淨化工程改善河川水質，三年來，環保署已投入9,752萬元進行污染整治，今年度將再投入9,188萬元。
環保署表示，三年來，補助桃園縣政府環境保護局成立「溯溪查暗管稽查小組」專案人力，強力稽查管制事業廢水暗管偷排等重大污染事件之成果豐碩，總共查獲36廠暗管偷排，93年度處分175廠次，罰款金額總計1,425萬元，有效遏止不肖業者私自埋設暗管偷排行為及不法排放。
環保署指出，追查暗管的工作必須深入河川涵管及雜草叢生的溝渠，相當的辛苦且具危險性，曾有稽查小組成員因深入樹叢中尋找暗管，而招致虎頭蜂攻擊住院治療。且「溯溪查暗管稽查小組」成員，以臨時工每日900元微薄薪資雇用，憑的是一股改善南崁溪水環境的熱忱。現在，南崁溪水質已明顯的改善，稽查小組人員均備感欣慰。
除了加強稽查管制工作外，同時由桃園縣政府工務局及水務局負責南崁溪流域水環境自然淨化工程的執行，已完成上游龜山段約三公頃的側灘植生淨化，及中、上游民光東路段約二公頃人工溼地側灘植生淨化，以及中游忠孝西橋段生態綠美化，共同發揮了水質改善的功能。
由於自然淨化工程以生態的角度進行水質淨化，並配合自然淨化工程在南崁溪流域沿岸營造水生動、植物之棲地，因此，當「南崁溪流域污染整治推動小組」成員在南崁溪民光東路段，看到水質清澈又發現小白鷺及紅冠水雞蹤跡時，既興奮又感動，南崁溪的生命力又回來了。
環保署指出，94年度南崁溪自然淨化工程將擴大辦理，自然淨化工程面積達7公頃，包括：一處礫間淨化設施及三處側灘植生淨化，處理水量每天約達2萬噸，預期能再大幅提昇南崁溪水質。環保署樂觀的指出，南崁溪流域污染整治工作，在縣府積極配合推動下，又結合當地大專院校如中央大學、南亞技術學院，流域內光明國中及縣內龜山鄉、桃園市、蘆竹鄉及大園鄉等四鄉鎮河川巡守隊，共同發揮民眾參與河川污染整治工作，南崁溪恢復昔日生物多樣性之風貌指日可待。