環保署於103年1月22日修正發布放流水標準，除配合「化工業放流水標準」獨立訂定而予以刪除相關管制項目及限值外，基於降低畜禽感染疾病之發生與傳染之風險，對於屠宰業、以及具動物屍體化製製程之食品製造業、廢棄物焚化廠或其他廢棄物處理廠（場），增訂大腸桿菌群管制項目。
近來畜禽感染疾病發生頻繁，為有效控管屠宰及具有動物化製製程事業之生物性感染風險，環保署爰針對屠宰業與具動物屍體化製製程之事業增訂放流水標準「大腸桿菌群」管制項目，促使事業強化消毒，降低感染風險，管制限值為200,000 CFU/100mL，自發布日起施行。前述受管制事業之放流水需符合管制限值始得排放，超過管制標準依違反水污染防治法第7條處分6至60萬元。
環保署指出，增設加氯消毒、臭氧消毒、紫外光消毒等殺菌程序均可有效降低大腸桿菌群。該署後續將滾動式檢討其他產業放流水標準，以維護環境水體品質。