配合加強執行工業區水污染稽查管制專案，環保署於94及95年度連續二年對全國列管47處工業區下水道系統進行查核評比。評比結果顯示，總計94年評比309項缺失，95年改善中及已完成改善者比例達95﹪，其中如中壢工業區更由94年評比為亟待改善大幅進步至前1/3名次，其他工業區下水道系統水污染管理亦有明顯改善。整體而言，環保署列管全國工業區污水下水道系統總納管率達97.5﹪；COD污染削減率達80.2﹪，而雨水下水道採樣不合格比率亦由94年35﹪降至95年25 ﹪，顯示環保署對工業區水污染管制已有具體成效。
環保署近一步說明，95年度經該署評比結果優等者包括新竹、竹科、觀音、竹科-竹南園區、雲林科技、台南科技、彰濱-線西、龍德、台中港倉儲等9處工業區下水道系統；另寶源、台中港特定區、平鎮、龜山、大園等5處工業區則屬尚待改進，其他列為普通。整體而言，許多工業區為94及95年評比優等連莊，表現獲得肯定，而如新竹工業區則由94年該組評比第三名躍升至95年第一名，該年度表現更甚於科學園區，而觀音工業區則是95年新進榜者。綜合2年評比結果，新興科學園區體系因資源較豐富，水污染管理績效仍略優於傳統工業區，而縣市政府負責開發管理之工業區則普遍仍待改進。惟各工業區下水道系統雖有主管機關、資源及人力等之差異，皆努力改善區內水污染成效以爭取評比佳績形成良性競爭，亦達成該署藉辦理評比推動工業區下水道系統外評機制，督導工業區落實水污染自主管理之目的。
環保署強調，該署近年針對工業區廢水處理及排放陸續執行多項加強管制措施，雖使工業區雨水道污染情形略為改善，惟總結兩年評比結果，包括雨水道巡查未落實、雨水道疑似遭偷排及前處理廠商管制未落實等重大問題仍需持續改善。而相較94年度工業區稽查管制結果，95年度區內事業違法遭環保機關處分廠次大幅成長44﹪，其中半數以上屬違法繞流偷排至雨水道案件，因此有關工業區雨水下水道乃至區外承受水體受污染情形，環保機關仍需優先正視及處理。
環保署指出，除持續推動工業區水汙染管理查核評比工作外，未來該署亦將執行包括「水污染查證權委託」及「依法查處雨水道污染」2大具體措施，其中「水污染查證權委託」係為彌補環保機關長期人力不足缺失，該署於96年初正式公告將少數工業區水污染查證權正式委託經濟部工業局，聯合共同管制工業區內重大違法水污染案件，不僅改善環保稽查人力短缺問題，亦樹立政府機關合作之良好典範。透過此項「內部自主管理措施」，亦督促工業區管理機構善盡管理權責，而環保機關則執行「外部稽查管制措施」，依法查處工業區雨水道污染。該署期望透過上述具體管制策略的落實執行，有效降低工業區雨水道遭受偷排污染問題。