環保署於106年5月31日預告修正「水污染防治法部分條文」修正草案，提高刑度，加重罰金與將具體結果犯修正為抽象危險犯，有效達到司法嚴懲效益；禁止廢（污）水注入地下水體，及增訂注入地下水體含特定物質之刑罰，以保障國民使用安全；強化未檢具水措計畫、改善期間水質惡化處罰裁處依據、強化主管機關代清除處理之求償效度、增訂重大違規情節不再核發許可證之規定及增訂委託代養家禽家畜應共同負清除處理之責，以促業者善盡義務與責任。
水污染防治法104年2月4日修正公布後，已定有「強化刑責及罰則」、「追繳不法利得」、「鼓勵檢舉不法」、「資訊公開」等規定。基於排放高濃度有害健康物質，已屬嚴重危害生態體系及國民健康，惟現行刑事判決案例，須為具體危害才能入罪，常因舉證不易或不明確，最終致輕判無罪，或作為易科罰金，或因本法刑罰罰金低於行政處分罰鍰，致使難達嚴懲效益，且失去優先適用刑罰，予以嚴懲、嚇阻之目的；另全國仍有部分區域之飲用水來源為地下水，雖現行規定已嚴謹限制廢(污)水不得注入地下水體，及污水經符合規定，取得許可，得注入地下水體之管理，惟難完全杜絕以合法許可，將廢水非法注入地下水體之風險；實務管理，改善期間水質惡化應予處分之執行依據未能明確；水體受污染時，主管機關代執行清除處理求償時，屢有爭議，為進一步降低污染風險，並強化管理規定，提出水污染防治法部分條文修正草案。
本次修正重點，在提升刑責效度部分，主要係增訂最低刑度，提高刑度及提高罰金額度。如增訂申請不實之刑責；明確超標一百倍以上或致自來水無法取水為嚴重污染環境；另排放廢(污)水於土壤及地面水體且有害健康物質，超標五倍始科處刑責，超標一百倍以上，罰金額度上限提高至三千萬元，未經許可者，罰金額度上限加重至一億元；非法注入有害健康物質於地下水體或排放有害健康物質之廢(污)水致自來水無法取水，罰金額度上限提高至一億元；致死、致重傷、致疾病，罰金額度上限分別提高為三億元、二億元、一億元。
在強化管理部分，主要係刪除污水取得許可得注入地下水體之規定及罰則，並明確非法注入地下水體之罰則、增訂屢次違反本法規定或刑罰判決確定之業者，三年內不再發給水污染防治許可證（文件）之條件，增訂委託畜牧業代為飼養家禽或家畜者，應善盡監督之責，未盡相當注意義務，受託之畜牧業違規，致地面水體發生污染時，應負共同清除處理之責。
在強化裁處依據部分，主要係增訂未提送水污染防治措施計畫或未依據該計畫運作之處分依據、合理調整社區下水道系統罰鍰額度、強化不申報、申報不完全之處分規定及罰鍰額度、增訂限期改善期間水質惡化行為之處分方式。
經由本次修法，除可有效嚴懲及遏阻不法，有助於環境水體之保護，並加速受污染水體之整治。
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