為讓民眾不論是淘汰二行程機車及新購電動二輪車時均有明確的補助金額可參考，提高其淘汰或新購的意願，環保署於104年7月20日發布「淘汰二行程機車及新購電動二輪車補助辦法」，整合該署電動二輪車的相關補助辦法，如淘汰二行程機車補助、淘汰二行程機車換購電動機車補助、新購電動自行車補助及新購電動輔助自行車補助，與地方環保局利用空污基金的各項加碼補助。
環保署表示，二行程機車相較於四行程機車，碳氫化合物(HC)排放量約為18倍，一氧化碳 (CO)排放量約為2倍，污染嚴重。為減少二行程機車之污染排放，該署透過加嚴標準已促使國內自93起不再生產銷售二行程機車；而對於還在使用中的二行程機車，則自97年起提供補助鼓勵其淘汰。惟依據交通部車輛登記資料統計，截至104年4月底止，二行程機車仍有約200萬輛。而電動二輪車（電動機車、電動自行車及電動輔助自行車）相較於傳統引擎機車，具有低污染及低噪音的特性，環保友善程度高，值得推廣使用。為加速淘汰二行程機車及鼓勵新購電動二輪車，爰訂定淘汰二行程機車及新購電動二輪車補助辦法，詳細計算電動二輪車較傳統汽油引擎機車的污染減量及減少該等污染減量所需成本，將民眾購買電動二輪車所做的污染減量外部成本內部化，提供其購車補助。
另該辦法對較早申請者提供較高補助金額，再逐年降低。同時要求直轄市及縣（市）政府應依地方特性，利用所屬空氣污染防制基金，至少編列本辦法所訂補助金額30%以上之金額，加碼辦理本項補助。
環保署呼籲二行程機車車主，提早將二行程機車淘汰，改用大眾運輸或購買電動二輪車來代步，不僅減少空氣污染，維護大眾健康，還可獲得政府的補助，一舉數得。