環保署為提升環境保護設施工程品質，成立「工程品質查核小組」，積極輔導及查核全國環保設施工程，要求各工程機關、監造單位及承包商，做好環保設施工程三級品質管制，並由查核小組嚴格執行查核，96年度查核績效經工程會評定名列中央部會甲等第1名，另96年度配合工程品質查核執行的公共工程防災查核，亦經勞委會考核評定第2類甲等第3名，表現優異。
環保署為確保自辦或補助地方政府辦理的環保設施工程的施工品質，自93年起成立「工程品質查核小組」，對於自辦工程及補助地方政府辦理的工程進行工程品質查核工作，為有效落實查核，建立完整的工程品質查核標準作業程序，包括查核前準備、查核文件的確認、缺失扣點機制、缺失改善的確認等，並整合相關作業於96年8月導入ISO 9001制度及精神，創全國首例通過ISO 9001認證。 96年度並加強施工階段追蹤並定期申報管控工程執行進度，配合不定期或無預警的工程施工品質查核及輔導追蹤改善機制，督促改善工程缺失，共完成62場次工程品質查核，其中甲等10場次占16﹪，乙等49場次占79﹪，丙等3場次占5﹪。對於所發現缺失，均要求限期改善並辦理複查。
環保署進一步表示，為致力提升環保設施工程品質，在96年度中依據工程會頒布之「查核結果品質缺失懲罰性違約金機制」，嚴格執行工程查核缺失扣點，總扣點為908點，其中專案管理單位(PCM)扣40點、監造單位扣467點、承包商扣401點，佔全國扣點之冠，並針對這些缺失將透過講習訓練並辦理工程查核觀摩與實作，以進行經驗傳承與缺失改善。