有關台南市中石化安順廠污染案，環保署全力配合台南市政府處理相關工作，除了成立跨部會專案小組，協調相關機關籌措經費，辦理當地民眾生活照顧、健康照護等工作外，對於環境污染改善調查部分，環保署已補助超過1億1千萬元辦理2等9號道路污染物移除工程、污染區域封閉管制巡察及污染範圍調查等工作。
環保署表示，對於竹筏港溪污染處理情形，係由該署於94年8月主動調查後，發現部分河段污染濃度超過環境背景值，不適合養殖，隨即要求台南市政府提出清理計畫，其後市府雖先後兩次提出計畫送審，但經土壤及地下水污染整治基金管理委員會開會審議時，部分專家委員認為依現有法規底泥不宜由土污基金支應，且需要更多調查數據，故未同意由土污基金支應相關經費。但該署日前委託工研院對竹筏港溪作進一步查證，結果於本月初出爐，發現鹿耳門橋以東170公尺河道下方埋有污泥，戴奧辛濃度達每公斤10萬餘奈克，且有擴散之虞，已達需進行緊急應變程度，環保署已要求台南市政府提出緊急應變計畫清除竹筏港溪污染物，預計本月26日再次開會審查。另關於報載仍有民眾到竹筏港溪撈捕水產品乙節，該署已要求台南市政府加強稽查取締。