環保署於105年10月28日修正發布「水污染防治措施計畫及許可申請審查管理辦法」（以下簡稱本辦法），本次修正目的係基於實務管理並配合水污染防治措施及檢測申報管理辦法修正，簡化試車、功測許可程序，鼓勵提升處理功能；強化許可條件，杜絕假貯留真繞流之排放行為。相關重點如下：
一、簡化試車變更之程序，試車期間未涉及採樣頻率、位置、水質項目、製程操作條件、排放廢（污）水水量、所含之污染物及其應符合濃度限值之變更，免辦理試車計畫變更；另於提功能測試報告時併同檢附修正後申請資料及調整之內容說明送審。
二、明確核准廢（污）水處理設施操作參數之原則，賦予操作彈性之管理，增訂操作參數應依功能測試結果認定，且許可登記之操作參數得有正負百分之十之容許差值。
三、簡化功能測試之條件，包括新增廢（污）水處理設施單元、擴大處理設施容量，未涉及廢（污）水每日最大處理量之增加、或未變更原廢（污）水核准水質、或非屬因應加嚴標準，及設施單元汰舊換新、變更處理設施單元之附屬機具設施或畜牧業設置之紅泥沼氣收集袋者，免進行功能測試。
四、簡化工程改善或功能測試執行期間變更程序，有涉及用水量、與廢（污）水產生量有關之製程設施、生產或服務規模、廢（污）水產生量等製程操作條件等變更者，始須辦理變更，以加速改善。
五、鼓勵業者提升廢（污）水處理設施功能之技術或措施，新增執行技術試驗之規定，業者提送技術試驗計畫向地方主管機關報備，依備查內容及期間執行試驗，並應依水措計畫核准文件或許可證（文件）登記之收集、處理單元、流程，並由核准登記之放流口排放。
六、鼓勵業者積極回收廢（污）水，調整邀請專家學者協助審查及現場勘查之認定條件，如將回收使用率超過百分之九十之認定條件，調整為全量回收者。
七、增訂核發機關通知領取水污染防治措施計畫核准文件、許可證（文件）之程序及事業或污水下水道系統未領證之處理方式，業者應於核發機關通知之日起14日內將許可證（文件）核准內容公開於本署指定之網站，並繳交證書費及領取水措計畫核准文件、許可證（文件）。
八、增列免申請水污染防治措施計畫及許可證（文件）之對象，包括再經曝氣處理後所產生之沼液沼渣全量作為農地肥分之畜牧業與畜牧糞尿資源化處理中心之經營管理業者，及設置洗腎治療床（台）之診所。
九、簡化許可變更資料，免再檢附水質水量自動監測（視）及連線傳輸設施設置完工照片。
十、為遏止不肖廠商以申請貯留許可行繞流排放之實，增訂如事業或污水下水道系統取得貯留許可但違法排放廢（污）水且有污染物濃度超標5倍或氫離子濃度指數小於2或大於11之情形經查獲2次者，應申請排放許可證。
環保署表示，本次修正內容請參閱環保署新聞專區下載附加檔案（https://enews.epa.gov.tw/enews/fact_index.asp），或於發布日3日後至行政院公報網站（網址：http://gazette.nat.gov.tw/egFront/index.jsp）「環保法規」網頁下載參閱。環保署已規劃針對修正內容舉辦宣導說明會，以利業者及核發機關依新規定辦理。