環保署於101年1月3日修正發布「水污染防治措施計畫及許可申請審查辦法」（以下簡稱許可審查辦法），新增內容計有整合環評審查結論、納入總量管制核定分配登記、實施廢水處理設施試車管理等重要機制，以強化國內水污染防治許可管理。
環保署表示，現行許可審查辦法自95年10月16日訂定發布迄今，已奠立許可申請、變更及展延相關管制措施及審核之基準，惟開發行為依環評承諾事項如加嚴放流水之管制限值，未納入許可登記事項管理，造成管制未能一致現象。本次修正即增訂規範環評審查結論涉及水污染防治措施事項，須納入許可登記，使許可證管理更加完備。
另外，對國內污染排放負荷超出水體涵容能力，致水體水質未能符合水體分類及水質標準之河段，環保署目前正研訂總量管制方式，將就總量管制區域內之污染排放源，依總量管制核定分配量，削減污染，進而達到水體分類及水質標準。故本次修正先賦予法源，增訂水體總量管制之污染分配量須納入水措計畫核准文件或許可證（文件）登記之規定。
另為確保事業或污水下水道系統之廢（污）水處理設施具備足夠功能，本次修正增訂新申請排放許可證（文件）者及申請許可證（文件）展延經主管機關指定者，應執行試車、功能測試之程序，確認廢（污）水處理設備功能足夠，核發機關始得同意核發或展延許可，亦作為廢（污）水處理設施維持正常操作之重要判定依據。
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本次修正內容詳載於環保署網站「最新環保法規」（網址：http://ivy5.epa.gov.tw/epalaw/）供各界下載參考，環保署已規劃針對修正內容舉辦宣導說明會，以利業者及許可核發機關順利依新規定辦理。