環保署業於民國96年11月30日發布「空氣污染防制費收費辦法」修正條文，要針對空氣污染防制費申報、審查、核定及分期繳納等作業進行修訂。包括經濟出現狀況者，最高可分24期繳納空氣污染防制費，以減輕業者負擔。
環保署表示，自87年7月1日起，固定污染源排放之硫氧化物、氮氧化物改依其實際排放量徵收空氣污染防制費後，執行至今已邁入第十個年頭，截至95年度止，累計徵收金額高達新台幣147億9,492萬餘元，總共減少硫氧化物排放量80,770公噸、氮氧化物57,672公噸，已達到利用經濟誘因，促使業者減量目的。
但環保署近年執行固定污染源空氣污染防制費審查時，發現部分業者常因申報作業疏忽，導致費額短繳或溢繳，因此，環保署針對業者常犯錯誤原因進行修正，以減少業者申報錯誤。另外，配合政府電子化及簡化申報作業，修訂應設置連續自動監測設施或應進行定期檢測之公私場所，應以網路方式申報空氣污染防制費；而對排放量較小的公私場所，由每季申報調整為每年乙次，以減輕業者行政作業之負擔，預估約有3,946家公私場所受惠。另對公私場所因天然災害或應補繳空氣污染防制費金額超過新台幣30萬元，且經濟出現狀況者，可申請加計利息，分期繳納，最高可分24期，本署希望在兼顧情與法的情形下，協助業者完成應儘之義務。
另原列於空氣污染防制費收費辦法附錄二「公私場所固定污染源申報空氣污染防制費之硫氧化物及氮氧化物排放係數及控制效率規定」，也為利於業者查閱，該辦法中刪除，另行同步公告。
為創造永續經營的環境，環保署表示，希望透過本次修正，使法規更明確易懂，以利業者與執法機關遵循，達到雙贏的目標。相關詳細內容，可至環保署網站（網址：http://w3.epa.gov.tw/epalaw/index.aspx）「最新環保法規」網頁查詢。